L'un des principaux objectifs du Traité, tel qu’énoncé à l'article 1, est d'assurer un partage juste et équitable des avantages découlant de la conservation et de l'utilisation durable des ressources phytogénétiques pour l'alimentation et l'agriculture. Étant donné que le Système multilatéral contient les principaux éléments opérationnels du Traité, le partage des avantages devient un élément important du système qui fait partie intégrante du processus d'accès, comme indiqué à l'article 10.

L'octroi d'avantages au titre du Traité va bien au-delà du Système multilatéral, comme en témoignent diverses références à l'assistance technique et à la coopération dans plusieurs articles du texte. Cependant, les principales dispositions du Traité concernant le partage des avantages sont regroupées dans l'article 13. Il existe divers éléments pour le partage des avantages en vertu de cet article et ceux-ci ont déjà été développés de manière significative par l’Organe directeur et le Secrétaire, avec une première série de subventions versées au titre de la stratégie de financement présentée à la troisième session de l’Organe directeur en 2009.

Avantages monétaires:

Conformément aux termes et conditions de l’accord type de transfert de matériel (ATTM):

• les bénéficiaires versent une part équitable des avantages financiers au Fonds pour le partage des avantages du Traité chaque fois qu'un produit commercialisé issu de matériel obtenu du Système multilatéral n'est pas librement disponible aux fins de recherches et de sélections ultérieures.
• ces fonds sont complétés par des contributions volontaires de pays, de fondations internationales et du secteur privé.
• les fonds versés au Fonds pour le partage des avantages vont principalement aux agriculteurs des pays en développement qui utilisent et conservent la diversité des cultures.

Avantages non monétaires

Le Traité prévoit également le partage des avantages non monétaires du Système multilatéral sous la forme:

• d’échange d'informations: mise à disposition d'informations telles que les catalogues et les inventaires de la diversité des cultures et les résultats de la recherche technique, scientifique et socio-économique, par exemple, les recherches liées à la caractérisation, l'évaluation et l'utilisation des cultures vivrières
• de transfert de technologie: faciliter l'accès des pays en développement aux technologies en matière de conservation, de caractérisation, d'évaluation et d'utilisation de la diversité des cultures dans le cadre du Système multilatéral. Le Traité encourage tous les types de partenariats dans la recherche et le développement et dans les coentreprises commerciales, en particulier en ce qui concerne le matériel reçu, le développement des ressources humaines et l'accès effectif aux installations de recherche.
• de renforcement des capacités: appuyer le renforcement des capacités à travers :
  • des programmes d'enseignement et de formation scientifiques et techniques;
  • des installations de recherche dans les pays en développement, et
  • la recherche scientifique menée dans les pays en développement en coopération avec les institutions nationales.

L’article 15 du Traité international regroupe les plus grandes collections internationales de matériel génétique de cultures relevant du Traité international. La FAO et les Centres du Groupe consultatif pour la recherche agricole internationale (GCRAI) ont signé en 2006 des accords concernant les collections de banques de gènes gérées par les centres. D'autres accords relatifs aux banques de gènes et aux collections internationales au champ ont également été signés avec d’autres institutions internationales et des pays hôtes («matériel disponible»). Le Secrétariat du Traité international mène des consultations régulièrement en vue d’encourager et de garantir de nouveaux accords concernant des collections internationales d’importance mondiale.

Grâce à ces accords, le matériel génétique de cultures appartenant à des collections internationales peut être demandé et échangé dans le monde entier via les mécanismes d’accès facilité du Traité international,  moyennant  un accord type de transfert de matériel (Easy-SMTA). Si l’entretien courant de l'une des collections est menacé, le Secrétaire du Traité international active un réseau de partenaires techniques et financiers pour aider à sécuriser la collection en coopération avec le  pays hôte.

Les centres et les organisations qui ont conclu  des accords en vertu de l'article 15 font périodiquement rapport à l’Organe directeur sur l'état des collections et des transferts de matériel génétique de cultures. Le dernier rapport de synthèse est  disponible ici