La efectividad de cualquier sistema agrícola de investigación depende de cómo están organizados y coordinados sus componentes. El Plan Maestro de investigación agrícola no sólo establece la agenda de la investigación agrícola y enumera los recursos necesarios para su implementación. También articula el trabajo institucional y político requerido para movilizar los recursos disponibles de una manera coherente desde el punto de vista de coste y eficacia.

      El Plan Maestro define las funciones y el papel de cada uno de los componentes de los sistemas nacionales agrícolas de investigación (SNIA), especifica las funciones compartidas por más de uno de sus componentes, y determina las modalidades de ejecución de las diversas actividades sobre la base de un acuerdo de división del trabajo y coordinación. El objetivo sería incrementar el alcance hacia el que tiende la función general de cada uno de sus componentes para complementar las funciones desarrolladas por los otros componentes del sistema.

      La organización exitosa de un sistema o institución de investigación requiere competencia y formación no sólo para los científicos investigadores y el personal de apoyo de primera línea sino también en un nivel intermedio y para los directores principales de la gestión de la investigación. También requiere una gobernabilidad y una dirección institucional eficaz que se guíe por el respeto y la lealtad.

      La administración efectiva y competente de la investigación agraria requiere una amplitud de competencias no sólo en ámbitos de las ciencias físicas, naturales y sociales, sino también igualmente, si no más importante, en las ciencias y habilitadas relacionadas con la gestión de los recursos físicos, financieros y humanos, y especialmente en el seguimiento y evaluación del impacto de los resultados de los programa de investigación. Frecuentemente estas demandas no son atendidas dentro de los servicios públicos y estructuras gubernamentales de los SNIA de muchos países en desarrollo.

      Reconociendo esta limitación, la FAO asiste a los gobiernos de los países en desarrollo y a las organizaciones nacionales de investigación a abordar los aspectos fundamentales de la gestión y organización de la investigación. La formación y el apoyo a la gestión de la investigación es un componente muy importante del Plan Maestro mencionado anteriormente; como seguimiento de las actividades del Plan Maestro, la Organización también provee formación específica de gestión en áreas concretas de la gestión de la investigación, que han sido identificadas como deficientes en estos SNIA en concreto.

      La flexibilidad es una característica de estos proyectos de fortalecimiento; cada proyecto está específicamente adaptado a las necesidades del sistema de investigación en cuestión y puede variar en tamaño, en recursos técnicos requeridos, marco temporal y costes financieros dependiendo de la fortaleza inicial de las instituciones, de las finanzas del gobierno nacional y de las aportaciones del donante. En un intento de afrontar este problema de una forma global, la FAO ha producido un manual general de formación que aborda los diversos aspectos de la gestión de la investigación agrícola.