L'efficacité d'un système de recherche agricole dépend de la manière dont ses composantes sont agencées et coordonnées. Le plan directeur pour la recherche agricole ne se borne pas à définir le programme d'action et à préciser les ressources nécessaires à sa mise en œuvre. Il articule aussi les arrangements politiques et institutionnels permettant de mobiliser les ressources disponibles de manière cohérente et rentable. Le Plan directeur définit les rôles et les fonctions de chaque composante des systèmes nationaux de recherche agricole (SNRA), identifie les fonctions communes à plusieurs composantes et définit les modalités d'exécution des diverses activités sur la base d'une division convenue du travail et de la coordination. L'objectif est d'accroître le degré de complémentarité entre les performances de fonctionnement globales d'une composante et les fonctions remplies par les autres composantes du système.

     L'organisation d'un système ou d'une institution de recherche efficace exige des compétences et du personnel spécialisé, qu'il s'agisse de chercheurs scientifiques de première ligne et de personnel de soutien, ou de chercheurs du cadre organique, de niveau intermédiaire ou supérieur, et requiert une direction institutionnelle efficace et une gouvernance qui inspire le respect et la fidélité. Une bonne gestion de la recherche agricole nécessite une gamme de compétences couvrant non seulement des domaines spécifiques des sciences physiques, naturelles et sociales mais aussi, et c'est peut-être plus important, les sciences et les techniques liées à la gestion des ressources humaines, financières et physiques, et surtout, au suivi et à l'évaluation de l'impact des résultats des programmes de recherche. Ces exigences ne sont pas toujours satisfaites dans les structures gouvernementales/de service public des SNRA de nombreux pays en développement.

     Consciente des contraintes existantes, la FAO fournit une assistance aux gouvernements des pays en développement et les organisations nationales de recherche, pour les aspects fondamentaux de l'organisation et de la gestion des recherches. Le soutien à la formation et à la gestion des recherches est une composante essentielle du plan directeur pour la recherche mentionné plus haut. En complément de l'établissement de ce plan directeur, l'Organisation assure aussi une formation dans des secteurs de la gestion de la recherche spécifiquement convenus, pour lesquels des défaillances ont été notées dans les SNRA considérés.

     La flexibilité est une caractéristique de ces projets de renforcement des institutions; chaque projet est conçu sur mesure en fonction des besoins du système de recherche considéré et peut avoir une échelle, des apports techniques, un calendrier et un coût financier variables, suivant les atouts initiaux des institutions concernées, l'état des finances des gouvernements nationaux et l'engagement des donateurs. Soucieuse de trouver une solution globale à ce problème, la FAO a publié un manuel de formation complet et détaillé, qui aborde les différents aspects de la gestion des recherches agricoles.