Les communautés du sol sont si diverses qu'il est difficile de trouver une méthode pour décrire tout ce que nous trouvons dans le sol. A un niveau très basique, la taille peut être une mesure utile, même si l'on doit reconnaître la présence de juvéniles ou de stades larvaires qui peuvent être très différents de la forme parentale et vivre dans des habitats différents.

Plus d'informations peuvent être obtenues en comparant la morphologie de l’individu avec des espèces type ou de référence. Cela peut se faire à un niveau initialement large pour décrire les familles puis plus tard pour décrire les genres et finalement les espèces quand des informations supplémentaires sont obtenues. Ce niveau d'information exige beaucoup de connaissances techniques spécialisées et une familiarité avec les organismes. La plupart des méthodes utilisées ne sont pas transférables à d'autres groupes. Par exemple, la description des espèces microbiennes est principalement basée sur des données biochimiques et physiologiques plutôt qu’anatomiques alors que, pour les arthropodes, par exemple, l'accent est mis sur la morphologie et le cycle biologique de l'organisme.

La facilité avec laquelle l'ADN peut être séquencé rend aisée la tâche d'évaluer la biodiversité bien que ce ne soit pas sans problèmes pour la définition de ce qui est réellement une espèce.