Le partenariat avec les organisations de la société civile est inhérent à l'approche du PSSA. Le PSSA donne la possibilité de comparer sur le terrain les expériences de la FAO et des organisations de la société civile et d'en tirer des enseignements. En outre, le PSSA porte à l'attention des hauts responsables des niveaux les plus élevés les contraintes perçues par les paysans à l'échelon local. Dans certains pays, tels que le Sénégal, les organisations paysannes ont été associées aux projets dès les premières phases d'identification et de planification tandis que des activités spécifiques sont sous-traitées à des organisations de la société civile.