Los programas regionales se elaboran en asociación con los grupos regionales pertinentes, los gobiernos de los países miembros de la FAO y muchos otros participantes de primera importancia, como los donantes, asociaciones regionales, organizaciones de la sociedad civil y universidades. La financiación para los proyectos terminados por lo general es una contribución del Fondo fiduciario de la FAO para la seguridad alimentaria y donaciones del Programa de Cooperación Técnica de la FAO.

La gestión de los programas regionales, cuando están en funciones, por lo general se asigna a una dependencia de gestión del proyecto formada por un coordinador y un subcoordinador regional del proyecto. El comité directivo de los proyectos regionales está formado por un representante de los donantes y representantes de los países. Este comité vigila el proyecto y garantiza la transparencia y la asignación correcta de lso recursos.