Les Programmes régionaux sont élaborés en partenariat avec le groupe économique régional pertinent, les gouvernements des pays membres de la FAO et de nombreux autres acteurs clés tels que bailleurs de fonds, associations régionales, organisations de la société civile et universités. Le financement des projets formulés est généralement assuré au titre du Fonds spécial de la FAO pour la sécurité alimentaire ou de dons du Programme de coopération technique.

Au stade de leur exécution, les Programmes régionaux sont habituellement gérés par une unité de gestion de projet composée d'un coordinateur de projet régional et d'un coordinateur adjoint. Un comité directeur de projet régional réunit les représentants des bailleurs de fonds et des pays. Ce comité est chargé de superviser le projet et de veiller à la transparence et à l'allocation correcte des fonds.