La durée d'un accord de coopération Sud-Sud est habituellement de 2 à 3 ans. L'organisation, la mise en place des arrangements et l'envoi des experts sur le terrain pour participer au PSSA, aux PNSA et aux PRSA, dans le cadre de la coopération Sud-Sud, suivent les étapes suivantes:

1. Demande du pays

Un pays bénéficiaire (pays hôte) ou un pays en développement plus avancé (pays coopérant) introduit une demande officielle auprès de la FAO, exprimant son désir de participer à une initiative de coopération Sud-Sud dans le cadre d'un programme pour la sécurité alimentaire.

La FAO prend contact avec les pays concernés pour avoir confirmation de leur accord officiel, et organise une mission conjointe de formulation d'un accord de coopération Sud-Sud. La FAO informe le ou les bailleurs de fonds susceptibles d'appuyer financièrement le Programme, en fournissant des outils et du matériel aux experts et aux techniciens de terrain. La FAO peut apporter son soutien à 2 initiatives de coopération Sud-Sud par pays hôte.

2. Formulation

Une équipe de formulation conjointe FAO/pays coopérant est dépêchée sur place pour travailler avec les experts du pays hôte à la conception de l'accord de coopération Sud-Sud.

3. Préparation d'un accord de coopération Sud-Sud

La FAO prépare l'accord tripartite entre le gouvernement coopérant, le gouvernement hôte et la FAO en se fondant sur le rapport de formulation conjoint. L'accord est ensuite soumis aux gouvernements du pays coopérant et du pays hôte pour approbation. L'accord final est paraphé au siège de la FAO par les représentants du pays coopérant, du pays hôte et de la FAO.

4. Modalités et conditions

L'accord de coopération Sud-Sud est un accord tripartite préparé conjointement et signé par le pays coopérant, le pays hôte et la FAO. Quand un bailleur de fonds souhaite contribuer financièrement à un accord de coopération Sud-Sud, ce dernier devient un accord quadripartite.