À la requête du Comité de pilotage du NEPAD, le Secrétariat du NEPAD a élaboré, en étroite collaboration avec la FAO, un Programme détaillé pour le développement de l'agriculture africaine (PDDAA). Le PDDAA a d'abord été approuvé par les ministres africains de l'agriculture au cours d'une session spéciale de la Conférence régionale de la FAO pour l'Afrique consacrée au NEPAD, à Rome en juin 2002. Il a ensuite a été ratifié au cours de la Deuxième session ordinaire de l'Assemblée des chefs d'État et de gouvernement de l'Union Africaine (UA) qui s'est tenue à Maputo en juillet 2003 (Sommet de Maputo).
L'initiative NEPAD-PDDAA reflète la détermination des gouvernements africains à pallier les difficultés qui limitent la croissance du secteur agricole, le développement rural et la sécurité alimentaire. Le NEPAD-PDDAA est perçu par toutes les parties concernées comme un processus conçu, conduit et approprié par les pays africains; il définit un cadre de référence intégrant les principales priorités en matière de développement, lequel repose sur cinq piliers:
- extension des zones où sont appliquées des méthodes durables de gestion des terres et qui bénéficient de systèmes fiables de maîtrise de l'eau;
- amélioration des infrastructures rurales et des infrastructures de commercialisation facilitant l'accès aux marchés;
- renforcement de l'offre alimentaire et réduction de la faim (en mettant notamment l'accent sur les situations d'urgence qui requièrent des réponses dans les domaines alimentaire et agricole);
- développement de la recherche agricole, de la diffusion des technologies et de leur adoption, afin de soutenir la croissance de la productivité à long terme;
- développement durable de l'élevage, des pêches et des forêts (ces sous-secteurs ont été ajoutés après le Sommet de Maputo de juillet 2003).
La "Déclaration sur l'agriculture et la sécurité alimentaire en Afrique" approuvée à l'unanimité au Sommet de Maputo a apporté un fort soutien politique au PDDAA. Par cette Déclaration, les pays membres de l'UA se sont, entre autres, engagés à mettre en oeuvre d'urgence le PDDAA et à allouer au secteur agricole et au développement rural 10 pour cent au moins du budget national d'ici cinq ans (soit d'ici 2008/09).
Afin de faciliter les discussions sur l'approche et le calendrier de mise en œuvre du PDDAA, la FAO a organisé des réunions à Rome, en septembre et décembre 2003, auxquelles ont participé des représentants des gouvernements africains, de l'UA, du Comité de pilotage du NEPAD, des organisations économiques régionales, des bailleurs de fonds et de la société civile. La FAO a offert d'appuyer la mise en œuvre des décisions prises ; suite à quoi, quarante-neuf gouvernements africains ont sollicité son support technique et financier dans les trois activités suivantes:
Fin janvier 2006, la formulation des PNIMT et de PPIB, ainsi que la tenue d'ateliers nationaux multisectoriels impliquant l'ensemble des partenaires concernés, ont été menés à bien dans trente-huit pays. Le travail progresse dans les autres pays.