Le Conseil est l'organe exécutif de la Conférence. Il est composé de 49 membres et ses pouvoirs lui sont délégués par la Conférence. Il se réunit trois fois au moins entre les sessions ordinaires de la Conférence. Ses fonctions l'amènent à s'occuper en particulier de la situation de l'alimentation et de l'agriculture dans le monde ainsi que des questions connexes, des activités actuelles et futures de l'Organisation, en particulier du Programme de travail et budget, des affaires administratives, de la gestion financière de l'Organisation et des questions constitutionnelles.