El Consejo es el órgano ejecutivo de la Conferencia. Está integrado por 49 Miembros y ejerce las facultades que le han sido delegadas por la Conferencia. El Consejo se reúne como mínimo en cuatro ocasiones entre los períodos de sesiones ordinarios de la Conferencia. En concreto, desempeña funciones relacionadas con los asuntos relativos a la situación mundial de la agricultura y la alimentación y cuestiones afines, a las actividades en curso y en perspectiva de la Organización, incluido el Programa de Labores y Presupuesto, así como las funciones relacionadas con los asuntos administrativos, la gestión financiera de la Organización y cuestiones constitucionales.