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Caractérisation génétique des caprins du Nord-Cameroun

A.C. Ngo Tama1, D. Bourzat2, P.S. Zafindrajaona3 et J.J. Lauvergne3

1 Station de recherches zootechniques et vétérinaires
BP 1073 Garoua (Cameroun)
2 CIRAD-EMVT; Laboratoire de Farcha; BP 433 N'djaména (Tchad)
3 Laboratoire de génétique factorielle; INRA, Jouy-en-Josas (France)

Résumé
Introduction
Matériel et méthodes
Résultats et discussion
Conclusion
Références bibliographiques

Résumé

Une caractérisation génétique des caprins basée sur l'utilisation des profils génétiques visibles a été menée sur un échantillon de 1081 animaux dans 28 sites au Nord-Cameroun. Tous les patrons pigmentaires identifiés dans l'espèce caprine ont été rencontrés dans la zone, avec prédominance de trois types: phaeomélanique, sauvage et eumélanique; les phénotypes tache oculaire et eumélanique et feu étaient les plus faiblement représentés. Le type d'eumélanine est surtout noir ou illisible. Un cinquième de la population porte la barbiche, et les pampilles sont rares. La longueur des cornes est très variable et le type de cornage ne correspond à aucun de ceux déjà décrits. Les oreilles sont dressées horizontalement sans bouclure avec une faible représentation des ports pédonculé et tombant. Le pelage est généralement ras. Les valeurs des indices de primarité étaient de 0,77 et 1,0 respectivement pour l'indice de primarité loci en ségrégation (IPs) et l'indice de primarité au locus agouti (IPa). Cela confirme que les caprins du Nord-Cameroun sont de type primaire. L'analyse de la variance de la hauteur au garrot et des indices de gracilité et auriculaire n'a montré aucune différence significative entre les sites. De même, l'observation des histogrammes a révélé l'existence d'une seule population dans la région considérée. Cette population est de petite taille avec les valeurs moyennes suivantes: HG = 48,6 cm, IGS = 0,87 et IAT =0,49. La grande variation de la taille permet de penser que celle-ci pourrait être augmentée à travers la sélection d'animaux adaptés à leur milieu.

Introduction

Le cheptel caprin des deux provinces septentrionales du Cameroun se chiffre à environ 1500000 têtes, ce qui représente près de 55% du cheptel national. C'est la partie du pays qui compte le plus grand nombre de caprins. Ceux-ci sont exploités de manière extensive et la taille des troupeaux est très variable. Les populations caprines de cette région n'ont pas encore été génétiquement caractérisées. Depuis quelques années, des efforts sont déployés pour la connaissance de leurs performances zootechniques. Dans le cadre du Projet régional de recherche sur les petits ruminants, un inventaire des ressources génétiques a été entrepris, un sondage rapide, portant sur un effectif réduit, réalisé en 1992 par Lauvergne et al (1992) a permis d'établir que la population caprine concernée est de type traditionnel ou primaire. Le but de la présente étude est d'approfondir l'analyse génétique des populations de ces deux provinces, analyse basée sur le calcul de certains indices en rapport avec la variabilité extérieure. Les objectifs spécifiques sont la description phénotypique des populations, l'estimation des indices de primarité de manière à isoler des poches de standardisation, si elles existent, la mesure des hauteurs au garrot et des indices biométriques sur les sites, et éventuellement une représentation cartographique de tous ces paramètres pris individuellement.

Matériel et méthodes

Echantillonnage

Cette étude devait être menée dans chaque Centre zootechnique et vétérinaire (CZV). Les troupeaux et les animaux ont été choisis en collaboration avec les chefs de ces centres chargés de contacter les éleveurs de petits ruminants dans les villages relevant de leur ressort. Les troupeaux ayant au moins une dizaine de têtes étaient retenus en priorité. Le sondage se faisait chez l'éleveur; la taille de l'échantillon par site variait en fonction de la saison car en saison sèche, il est difficile de rassembler les chèvres laissées en divagation. En revanche en saison pluvieuse elles sont attachées au piquet. D'une manière générale, le sondage a porté sur des femelles âgées d'environ 2 ans (au moins deux dents adultes). L'utilisation des femelles de préférence aux mâles se justifie par le fait qu'elles passent un temps plus long dans les troupeaux alors que les mâles sont exploités à un âge relativement jeune. Cependant, les mâles ont été examinés pour certains paramètres tels que la forme des cornes.

Protocole de recueil des données

Le profilage génétique a été réalisé à partir des normes établies par Lauvergne et révisées en 1992. Celles-ci préconisent diverses échelles, notamment pour le cornage (Clutton-Brock, 1981), le patron coloré, la dentition, les panachures, la longueur du pelage et le port de l'oreille. Par ailleurs, un certain nombre de phénotypes sont répérés en termes de présence/absence tandis que d'autres sont mesurés.

Les données sont recueillies à l'aide d'une fiche de sondage qui permet de rassembler des informations sur le site, concernant le propriétaire et les différents paramètres; au total 12 paramètres sont observés et 10 mesurés. Les mesures ont été effectuées à l'aide d'une canne-toise et d'un mètre ruban. Le sondage a été réalisé dans 28 localités des deux provinces du Nord-Cameroun et sur un effectif de 1081 animaux.

Définition des indices de primarité et des indices biométriques

Pour exprimer le premier stade d'évolution des populations après la domestication, Lauvergne (1992) a proposé l'utilisation de deux indices:

- l'indice de primarité "loci à effet visible en ségrégation": IPs. Il a été défini comme le rapport du nombre de loci à effet visible en ségrégation dans l'échantillon (ns) et du nombre total de loci à effet visible Ns identifiés dans l'espèce, il varie de 0 à 1.

- l'indice de primarité allèles au locus agouti: IPa. Soit Na le nombre total d'allèles en agouti considérés dans une population et na le nombre d'allèles identifiés dans cette même population, l'indice de primarité allèles au locus agouti se définit comme suit:

IPa = (na-1)/(Na-1)

- l'indice de gracilité sous-sternal (IGS): rapport du vide sous-sternal sur la profondeur du thorax.

- l'indice auriculaire thorax (IAT): longueur de l'oreille sur la profondeur du thorax. Le choix de la profondeur du thorax au dénominateur des indices biométriques est justifié par sa faible variation d'une population à l'autre et par le fait qu'il permet de s'affranchir des variations de la longueur des jambes.

Méthode d'analyse

Une analyse de la variance a été effectuée sur chacun des trois paramètres. Les données du sondage ont été traitées sur logiciel SPSS.

Résultats et discussion

Les résultats du sondage sont présentés aux tableaux 1 à 5 et aux figures 1 à 3.

Profils phénotypiques

Le tableau 1 présente la répartition au locus agouti.

Tableau 1: Fréquence des patrons pigmentaires

Patrons pigmentaires

N

Fréquence

Eumélanique

1

16,8

Taches oculaires

1

0,1

Eumélanique et feu

3

0,3

Eumélanique et feu ventre clair

36

3,3

Mantelé antérieur

14

1,3

Mantelé postérieur

15

1,4

Chamoisé

68

6,3

Sauvage

260

24,1

Phaeomélanique

336

31,1

Illisible

166

15,4

Tous les patrons pigmentaires identifiés dans l'espèce caprine ont été rencontrés dans la zone, trois sont cependant prédominants et représentent plus de 70% des caprins. Ce sont, par ordre d'importance le phaeomélanique, le sauvage et l'eumélanique, les phénotypes tache oculaire et eumélanique et feu étant extrêmement rares. Mais la distribution de ces patrons varie d'une localité à l'autre. Dans quelques troupeaux, tous les animaux avaient la même couleur pour les phénotypes phaeomélanique et tout blanc chez certains éleveurs surtout transhumants (Mbororo). Cette répartition est différente de celle obtenue lors du premier sondage dans lequel certains phénotypes étaient absents (Lauvergne et al., 1992). Elle montre également que plus l'échantillon est grand, plus la probabilité de trouver tous les phénotypes est élevée. Cette répartition est proche de celle de Grupetta et al (1988) qui, à Malte, ont obtenu un pourcentage plus élevé de phaéomélaniques suivis des eumélaniques. D'autres auteurs (Dunner et Canon, 1988; Sadorge et Benadjaoud, 1988) ont rapporté une prédominance patrons phaéomélanique et eumélanique.

Le tableau 2 présente la distribution des autres phénotypes visibles. Le type d'eumélanine est soit noir, soit illisible, le brun étant difficile à déterminer. Un résultat analogue avait déjà été obtenu lors du premier sondage. L'altération pigmentaire foster, caractérisé par la présence de noisillures autour du museau et à la base des oreilles, est présente dans 23% des cas. L'altération pigmentaire dite roan est présente dans plus de 40% de l'échantillon, 5% sont tout blancs. Plus de 50% ont une tache blanche sur le patron. On dit qu'ils ont une panachure ou une ceinture.

Le port dressé horizontal est dominant, le port dressé vertical étant absent, les oreilles sont rarement bouclées (1,7% de caractère rencontré chez des animaux au port tombant ou pédonculé). Le variant oreille raccourcie (Audiot et al., 1982) n'a pas encore été observé.

La corne est généralement de type illisible, sauf dans 11,7% de la population où il s'apparente à l'ibex espagnol (Clutton-Brock, 1981). Aucun animal motte n'a été rencontré dans l'échantillon considéré mais il existe un certain nombre d'animaux aux cornes courtes qui n'ont pas été mesurées car il était difficile de savoir si celles-ci avaient été coupées ou non. Une très faible proportion de la population (2%) porte des pampilles. Ces observations sont différentes de celles faites dans le bassin méditerranéen et au Brésil où se rencontre une plus forte représentation des animaux avec barbiche et pampille (Martrès et Benadjaoud, 1988; Franceschi et Santucci, 1988; Branca et Casu, 1988; Renieri et al., 1988; Grupetta et al., 1988). Un cinquième de la population porte une barbiche. Les mêmes auteurs ont obtenu des pourcentages plus élevés pour la barbiche.

Tableau 2: Profil visible de la chèvre du Nord-Cameroun

Caractère

Phénotype

Fréquence (%)

Oreilles port

 


dressé

92,9

pécondulé

6,2

tombant

0,9

bouclure


présence

0,7

absence

98,3

Cornes

ibex

11,7

Type



autres

88,3

présence

100

absence

0

Pampilles


présence

2,0

absence

98,0

Barbiche


présence

21,4

absence

78,6

Poil



ras

97,4

mi-long

2,6

long

0

Foster


présence

23,5

absence

76,5

Eumélanine



noir

59,4

brun

1,9

illisible

38,7

Altération



normal

52,3

roan

42,1

blanc

5,6

Panachure



présence

39,2

absence

43,8

illisible

17,2

Ces résultats sont plus proches de ceux de Zeuh et Bourzat (1993) au Tchad. Le pelage est ras et rarement mi-long; aucun animal au pelage long n'a été rencontré; on peut parler d'un début de standardisation de ces paramètres. Ces observations sont totalement différentes de celles de Djorbineva et al (1988) qui ont observé une standardisation basée sur la longueur du poil.

Indices de primarité

Les tableaux 3 et 4 résument les différents phénotypes en ségrégation par site utilisés dans le calcul des indices de primarité.

On observe une certaine variabilité d'un site à l'autre surtout pour l'indice de primarité au locus agouti mais en considérant toute la zone d'étude l'IPa = 1, ce qui traduit une grande variabilité et montre que tous les variants qui ont ségrégé depuis la domestication de l'espèce caprine sont présents dans la population du Nord-Cameroun. On peut conclure que la population est de type primaire. Pour l'indice de primarité des loci en ségrégation, l'absence de certains mutants tels que l'absence de cornes et oreilles réduites entraîne une valeur plus faible que celle de l'IPA; elle est de 0,77 pour toute la population et varie d'un site à l'autre. D'une manière générale, aux effectifs réduits correspondent de faibles valeurs d'indices de primarité. Les valeurs de ces indices sont comparables à ceux obtenus lors du premier sondage au Cameroun et au Tchad (Lauvergne et al., 1993) aussi bien dans le bassin méditerranéen qu'au Brésil.

Données biométriques

Le tableau 5 présente les moyennes des données biométriques de l'échantillon. L'analyse de la variance de la hauteur au garrot, de la longueur des oreilles et des deux indices biométriques n'a révélé aucune différence significative entre les sites. La représentation graphique des valeurs de ces paramètres pris individuellement par des histogrammes (figures 1,2 et 3) a révélé l'existence d'une population normale de grande variabilité, ce qui confirme les résultats de l'analyse de la primarité. Cette grande variabilité, qui se traduit par des indices de primarité élevés, offre de grandes possibilités d'amélioration génétique de ces espèces, notamment à travers la sélection et la création de diverses races en fonction d'objectifs bien définis tant du point de vue phénotypique que productif.

Ces résultats montrent que la chèvre du Nord-Cameroun est une chèvre de petite taille (hauteur au garrot 2 cm), ce qui est en accord avec les observations antérieures effectuées sur les chèvres de la zone soudanienne. La variabilité observée sur la hauteur au garrot (35 à 67 cm) permet de penser que la taille de ces chèvres pourrait être augmentée grâce à la sélection d'animaux adaptés à leur milieu.

Conclusion

Les caprins du Nord-Cameroun sont une population de type primaire au sein de laquelle il y a eu peu de sélection. Ce sont des animaux de petite taille avec une hauteur au garrot d'environ 50 cm en moyenne, de faible gracilité, dont la longueur et le type de corne varient beaucoup, généralement sans pampilles, assez souvent barbus, avec des oreilles au port dressé horizontal. La couleur de la robe est varice et très souvent fauve avec ou sans raie dorsale, ou noire. Les robes pies sont fréquentes et on note une apparition d'animaux tout blancs. Le pelage est souvent ras et quelquefois mi-long. Ces résultats confirment les observations d'autres auteurs, notamment le fait que les caprins de la région soudanienne sont de petite taille. L'absence de quelques caractères tels que le poil long, l'absence de cornes et les oreilles réduites peuvent s'expliquer par la taille de l'échantillon. Il est nécessaire d'accroître les effectifs pour augmenter la possibilité de représentation des allèles de faible fréquence. Le degré de primarité élevé traduit de grandes potentialités pour la création de diverses races. Cette étude se poursuit dans la province de l'extrême-nord située en zone sahélo-soudanienne.

Tableau 3: Indice de primarité "allèles au locus Agouti" (Ipa) par site dans les populations caprines du Nord-Cameroun.

No des sites

PATRONS

1

2

3

4

5

6

7

8

9

10

11

12

13

14

42

21

13

19

98

9

21

65

40

34

82

24

10

25

Eumela

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

0

1

Tac oc

0

0

0

0

0

0

1

0

0

0

0

0

0

0

E feu

0

0

0

0

0

0

0

0

0

0

0

0

0

0

E fvc

0

1

0

0

1

0

0

0

0

0

0

0

0

0

Man

0

0

1

1

1

0

1

0

1

1

1

0

0

0

Mpo

0

0

0

0

0

0

0

1

1

0

1

0

0

0

Cham

1

1

0

0

1

0

1

1

1

0

1

1

0

1

Sauv

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

Phéo

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

ILL

1

1

1

1

0

0

1

1

1

1

1

1

1

1

na

5

6

5

4

7

4

6

6

5

4

6

4

2

4

Na

9

9

9

9

9

9

9

9

9

9

9

9

9

9

IPA

0,55

0,66

0,55

0,44

0,77

0,44

0,66

0,55

0,66

0,44

0,66

0,44

0,22

0,44

PATRONS

15

16

17

18

19

20

21

22

23

24

25

26

27

28

POP

54

46

31

104

28

11

32

24

22

53

11

56

51

55

1081

Eumela

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

Tac oc

0

0

0

0

0

0

0

0

0

0

0

0

0

0

1

E feu

0

1

0

1

0

0

0

0

0

0

0

0

0

0

1

E feu

1

0

0

1

0

0

0

1

1

1

0

0

1

1

1

Man

0

1

0

1

0

1

0

1

1

1

0

0

1

1

1

Mpo

1

0

0

0

1

0

0

1

0

1

0

1

1

1

1

Cham

1

1

1

1

1

0

0

1

1

0

0

1

1

1

1

Sauv

1

1

1

1

1

0

1

1

1

0

1

1

1

1

1

Phéo

1

1

1

1

1

1

1

1

0

1

0

1

1

1

1

ILL

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

na

7

6

4

7

6

3

3

7

5

5

2

6

7

7

9

Na

9

9

9

9

9

9

9

9

9

9

9

9

9

9

9

IPA

0,77

0,66

0,44

0,77

0,66

0,33

0,33

0,77

0,55

0,55

0,22

0,66

0,77

0,77

1

Eumela

=

Eumélanine

Tac oc

=

Tache oculaire

E fvc

=

Eumélanique et feu

Man

=

Mantelé antérieur

Mpo

=

Mantelé postérieur

Cham

=

Chamoisé

Sauv

=

Sauvage

Phéo

=

Phaeomélanique

ill

=

illisible

na

=

Nombre d'allèles présents

Na

=

Nombre d'allèles existants

Ipa

=

Indice de primarité locus agouti

Tableau 4: Indice de primarité "loci à effet visible en ségrégation" par site dans les populations caprines du Nord-Cameroun

No. des Sites et effectifs

Level

1

2

3

4

5

6

7

8

9

10

11

12

13

14

Nums

42

21

13

19

98

9

21

65

40

34

82

24

10

25

Agouti

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

Eumela

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

Roan

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

0

1

Prosting

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

Board

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

Ear length

0

0

0

0

0

0

0

0

0

0

0

0

0

0

Ear car

1

1

0

1

1

0

1

0

1

1

1

1

0

0

Ear cur

1

0

0

0

1

0

1

0

0

1

1

1

0

0

Polled

0

0

0

0

0

0

0

0

0

0

0

0

0

0

Horms Rd

0

0

0

0

0

0

0

0

1

0

0

0

0

0

Hair L

1

1

0

0

1

0

0

0

1

0

1

0

0

1

Wattles

0

0

0

1

1

0

1

1

0

1

1

0

0

0

Sporting

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

na

9

8

6

8

10

6

9

7

9

9

10

8

5

7

NS

13

13

13

13

13

13

13

13

13

13

13

13

13

13

Ipa

0,69

0,61

0,46

0,61

0,77

0,46

0,69

0,53

0,69

0,69

0,77

0,61

0,38

0,53

Level

15

16

17

18

19

20

21

22

23

24

25

26

27

28

POP

Nums

54

46

31

104

28

11

32

24

22

53

11

56

51

55

1081

Agouti

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

Eumela

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

Roan

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

Prosting

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

Board

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

Ear length

0

0

0

0

0

0

0

0

0

0

0

0

0

0

0

Ear car

0

1

1

1

0

1

1

0

1

0

0

1

0

0

1

Ear cur

0

0

0

0

0

0

0

0

0

0

0

0

0

0

0

Polled

0

0

0

0

0

0

0

0

0

0

0

0

0

0

0

Horms Rd

1

0

0

0

1

0

1

1

0

0

1

0

0

1

1

Hair L

0

1

1

0

0

1

0

0

0

1

1

1

0

0

0

Wattles

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

Sporting

1

I

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

na

7

9

7

9

6

7

9

7

8

7

8

8

6

7

10

NS

13

13

13

13

13

13

13

13

13

13

13

13

13

13

13

Ipa

0,53

0,69

0,53

0,69

0,46

0,53

0,69

0,53

0,61

0,53

0,61

0,61

0,48

0.53

0,53

Eumela

=

Eumélanine

Ear car

=

Ear camage

Ear cur

=

Ear curling

Homs RD

=

Homs reduction

Hair L

=

Hair length

ns

=

Nombre de loci présents

NS

=

Nombre de loci en ségrégation

IPS

=

Indice de primarité loci en ségrégation

Phéo

=

Phaeomélanique

ill

=

illisible

na

=

Nombre d'allèles présents

Na

=

Nombre d'allèles existants

Ipa

=

Indice de primarité locus agouti

Figure 1. Histogramme de la hauteur au garrot des chèvres du Nord-Cameroun.

Figure 2. Histogramme de l'indice de gracilité sous-sternal (IGS) des chèvres du Nord-Cameroun.

Figure 3. Histogramme des indices auriculaires thorax des chèvres du Nord-Cameroun.

Tableau 5: Quelques paramètres biométriques

Paramètres

Moyenne

E.T.

Hauteur au garrot

48,62

4,70

Profondeur du thorax

26,30

2,97

Longueur de l'oreille


12,66

IGS

0,87

0,21

IAT

0,49

0,0

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