من الضروري بجانب تنمية الموارد المائية واستعمالها للري اتخاذ إجراءات مناسبة لضمان استدامة جميع الموارد، خاصة المياه والأراضي، وذلك من خلال المحافظة عليها وحماية البيئة. ونظراً للأحوال المناخية السائدة في إقليم الشرق الأدنى، فإن احتمالات ملوحة التربة الناتجة عن الري مرتفعة جداً، وتزايد الاهتمام يوما بعد يوم  باستعمال الموارد المائية غير التقليدية مثل مياه المجاري في الزراعة نتيجة لنقص المياه كما أن تلوث المياه- خاصة المياه الجوفية نتيجة لسوء الإدارة- يمثل خطراً آخر علي البيئة، بينما تشكل النواحي الصحية لتنمية موارد المياه تهديداً مباشراً للإنسان والبيئة معاً.

وتعطي المنظمة الاهتمام المناسب لطرق التشخيص السليمة خلال إعداد المشروع، إضافة إلي أدوات الإدارة التي تحول دون تدهور جودة المياه. فتقديرات النتائج البيئية تدخل في كل المشاريع والنشاطات المتعلقة بالمياه في الإقليم، كما تراجع أيضا المنظمة منهجيات القدير السريع لدرجة الملوحة علي المستوى الإقليمي. وتقدم المنظمة المساعدة لإقامة مراكز إقليمية متميزة لإعادة استعمال مياه المجاري، وتسعى لإقامة شبكة إقليمية خاصة بإعادة استعمال المياه المعالجة.

وإضافة إلي توفير المساعدة التقنية المباشرة للدول الأعضاء فيما يتعلق بهذه المسائل، فقد قامت المنظمة بإعداد وتوفير عدد من الخطوط التوجيهية لمراقبة البيئة وتقييم الأثر البيئي.