Le Bureau de liaison de Bruxelles a pour mission de suivre le travail de la Commission européenne (CE) et d'autres institutions de l'Union européenne (UE), ainsi que les séances et les décisions du Parlement européen (PE) dans les domaines en relation avec les programmes et les activités de la FAO. Par ailleurs, il favorise la communication et la coopération entre la FAO, le gouvernement belge, le Secrétariat général du groupe des pays d'Afrique, des Caraïbes, et du Pacifique (ACP) et d'autres institutions, y compris les organisations non-gouvernementales représentées à Bruxelles ainsi que les institutions académiques ayant leur siège en Belgique.

Le Bureau de liaison est également chargé de fournir des informations sur la politique de l'Union européenne dans les domaines en relation avec les activités de la FAO, à savoir l'aide au développement, l'agriculture et la protection des consommateurs. D'autre part, il organise les visites officielles de la FAO à la Commission européenne tout en maintenant les représentants de la FAO régulièrement informés de l'évolution des dossiers et sujets abordés pendant ces missions.