La taxonomía de los Prosopis ha sido sometida a revisiones casi continuas por parte de un número relativamente limitado de taxonomistas. Esta falta aparente de interés y confusión es comprensible, puesto que sólo en los últimos tiempos se ha llamado la atención mundial sobre el importante papel ecológico y económico de esta planta. Además, la taxonomía de los Prosopis resulta muy difícil debido a la extrema variabilidad entre plantas individuales, aún entre individuos dentro de una especie bien delineada. Las plantas de Prosopis son muy adaptables. La naturaleza de la morfología de la mayoría de las especies varía con el sitio y posiblemente también con factores genéticos inherentes. La mayoría de las especies también se hibridan con facilidad; esta tendencia, acoplada con los recursos de genes que han sido mobilizados aún más por el hombre moderno, no harán que la clasificación sea menos difícil en el futuro.
La clasificación de Prosopis ha sido muy aclarada recientemente gracias al trabajo de Arturo Burkart (1967a, 1976b) quien ha ofrecido la metodología taxonómica más global para el género en su totalidad. La clasificación de Burkart fue completada en 1976 y sucesivamente puesta en claro por Burkart y Simpson en 1977. En este Manual se sigue esta última clasificación.
Burkart reconoció cinco distintos grupos de Prosopis, dos de los cuales se encuentran o en México o en Chile o en Perú. Se trata de los siguientes grupos:
Algarobia de Candolle. Hay especies con espinas axilares en pares o aisladas. Hay diferentes tipos de vainas, pero son siempre aplanadas y sus semillas en el interior están dispuestas de punta a punta. Las partes internas de los pétalos y de los ovarios son siempre pelosas.
Strombocarpa Bentham. Las espinas en este grupo de especies son en pares y formadas por estípulas modificadas. Las vainas son o enroscadas con semillas dispuestas adentro de punta a punta, o son cortas y redondeadas con las semillas apiladas.
