为了能够用于评估开发生态系统的状况和趋势，渔业数据需要与生境和生态系统相关，但是它们往往没有相关。例如，目前许多国家提供的渔获量（重量和成分）方面的资料往往按渔业种类或分部门列出，但一般未按开发的生态系统生境细分。
在衡量和报告对渔业极为重要的生境和生态系统时，需要采用标准方法，以便有效制定指标以及使这些指标在时间上相一致并且在空间范围内和之间可比较。因此，需要以有利于存取、分析、综合和解释的标准格式保存数据。为此，应按照商定的准则组织收集工作，在适当空间和时间范围按生境和主要生态系统详细分类。下面列出了部分可能用于这种准则的成分：
分类办法
有关渔业数据（例如渔获重量）应按品种和其它可识别的分类单位及一类渔业的有关单位面积记录。为了进行比较，它们可以按面积表示（例如吨/平方公里）。重要的生境、开发生境和其它生境（如幼鱼生境）可以分成以下几个生态类别：
空间范围
只要有可能（以及特别是关于可能有航海日志的大型渔业），有关渔业数据如渔捞重量，因按整个渔捞场所的空间小单位记录。使用生态小单位（例如海湾、深海测量范围）或捕捞地点可以对这些单位进行最佳确定。为了分析变化情况，生态和生境指标最好采用与用于记录渔获量的相同的空间单位。
时间范围
可以利用航海日志或其它正式记录过程来收集从几个小时（例如按一次起网和放网报告渔业时）至一周或数月（如按一次出海报告渔业）的时间范围的有关渔业数据（例如渔获重量）。然而，关于对生境和生态系统的衡量，应对变化情况进行衡量的频率取决于它们可能退化或恢复的速度。这取决于它们的性质和地点以及对它们整体性的威胁的性质和程度。因此，近海系统（海草床）要比更深和更远的近海生境（如海底山脉）需要进行更加频繁的衡量。
为了确保所有生态系统得到适当监测，将需要对专属经济区（生态小区详情）以及公海的捕捞活动进行全面监测和报告。然后可能需要按照生态系统（Longhurst 所确定的生态系统，1998年）16，包括大规模海洋生态系统以及按照上面所描述的生境种类整理资料。
快速评价
关于生态系统健康方面的数据需要情况可能容易使人胆怯。然而，一般说来可以对沿海生境的质量和范围进行迅速评价，例如通过以下方法进行快速评价调查：各级分类、空间和时间范围方法；航空测量地形；潜水员探测；或者在某些情况下传统知识。在深海，可能需要利用更加尖端的技术如遥摄或声学以及可能更遥远的代替方法（例如使用简单捕捞努力量作为对干扰活动的一个措施），对生境进行监测和评估。使用这种技术，可以对生境质量及范围进行评估。例如，通过使用适合生境的一个标准的6级性能范围：(1) 遭毁坏；(2) 受到严重干扰；(3) 受到中等程度的干扰；（原文缺(4), 译者注）(5) 几乎未受到干扰或原始状态；(6) 处于一种未知的状况。
16 Longhurst Alan R., 1998年。海洋生态地理，学术出版社：398 页。