始于1929年的世界经济萧条对农业造成严重影响，导致农业人口生活难以为继。金融危机爆发后，粮食进口国迅速设置关税壁垒，同时扩大国内粮食生产。小麦进口量下降60%，贸易崩溃，粮食过剩情况严重。20世纪30年代，关于贫穷和营养问题的新研究成果发布后，营养学家呼吁增加消费，而经济学家却强烈要求减少生产。

澳大利亚营养学家弗兰克·麦克杜格尔（Frank McDougall）对这一矛盾现象进行了分析。他倡导“健康与农业相结合”，综合各学科力量解决营养不良问题。他的建议得到各国政府和公众的广泛认同，采取集体行动的时机似乎也已成熟，然而遗憾的是，第二次世界大战爆发使其建议未能取得进一步发展。

1942年，麦克杜格尔的建议最终进入美国第一夫人埃莉诺·罗斯福（Eleanor Roosevelt）的视野。她安排麦克杜格尔与美国总统会面。在白宫宴会上，麦克杜格尔提出农业对提高各国人口生活标准至关重要，他满怀热情地呼吁制定一个联合国家计划，将粮食问题作为首要的全球性经济问题来解决。

罗斯福总统当时未作出任何反应，但宴会上的这场讨论无疑使他产生深深的共鸣。一年后，他在弗吉尼亚州温泉城召集联合国家粮食与农业会议，44国政府承诺建立一个有关粮食和农业的常设组织。

粮农组织的成立恰逢其时：整个欧洲已成废墟，大量人口面临饥饿的严重威胁。在此次会议上，苏格兰人约翰·博伊德·奥尔作（John Boyd Orr）勋爵当选第一任总干事。他为改善营养做了大量工作，因而备受尊崇。

成立一年后，粮农组织仍需向各国政府证明贫穷是饥饿和营养不良的根本原因。

社会失序和干旱将导致未来几年人们难以获取食物，这一点在1946年初已非常明显。粮农组织预计1946/1947作物年度粮食供应与需求将出现巨大缺口，并迅速提出若干建议措施。

为此，粮农组织还于1946年5月在华盛顿召开了粮食紧急问题特别会议。会议不仅涉及迫在眉睫的粮食危机，也为粮食生产方面的历史问题提出一系列建议。会议讨论的重要议题包括：定期开展世界普查；植物有害生物防治；应对突发灾难，提供粮食救济等。此次会议将提高土壤肥力作为亟待解决的问题之一。