生态农业需要负责任和有效治理，从而为可持续粮食农业体系转型提供支撑。应建立透明、可问责和包容性的治理机制，创建有利环境，推动生产者通过生态农业理念和实践，实现生产系统转型。扶持政策的案例包括学校供餐和公共采购计划、允许差异化生态农业产品品牌化的市场法规，以及对生态系统服务的补贴和奖励。

土地和自然资源治理即为良好例证。全球大部分农村贫困人口和弱势群体严重依赖陆地和水生生物多样性及生态系统服务维持生计，但缺乏获取这些资源的可靠手段。生态农业有赖于公平获取土地和自然资源——这是社会公正的关键，但也有赖于为保护土壤、生物多样性和生态系统所需的长期投资提供激励，同时为培育这些资源的土著和当地社区提供支持。

不同规模的负责任治理机制为生态农业提供最佳支持。许多国家已制定国家层面的立法、政策和计划，为能够提高生物多样性和提供生态系统服务的农业管理提供奖励措施。地域、景观和社区层面的治理也至关重要，如传统和习惯治理模式，能够促进主要行动方和利益相关方之间合作，最大限度发挥协同作用，同时减少或管理利弊权衡。