АкваКроп имеет следующие ограничения:

- АкваКроп предназначен для прогнозирования урожайности в масштабе одного поля (точечное моделирование). Предполагается, что поле является однородным, без пространственных различий в развитии культур, транспирации, характеристиках почвы или управлении.

- Учитываются только вертикальные входящие (осадки, орошение и капиллярный подъем) и исходящие (испарение, транспирация и глубокая перколяция) потоки воды.