Модель АкваКроп была разработана в трёх различных форматах для удовлетворения потребностей пользователей:

• Стандартная программа АкваКроп с оконным интерфейсом, версия 6.0 (AquaCrop, Version 6.0).
• Плагин управления программой АкваКроп версии 6.0 (AquaCrop plug-in programme, Version 6.0): Запуск плагина позволяет выполнить список задач, определённых в стандартной оконной программе АкваКроп, и сохранить результаты в выходных файлах. Плагин можно использовать для приложений, работающих в итерационном режиме, таких как ГИС.
• АкваКроп-ГИС (AquaCrop-GIS): АкваКроп-ГИС (AquaCrop-GIS) позволяет оптимизировать работу программы АкваКроп в случае построения большого числа моделей, упрощая задачи генерирования входных и проектных файлов и управления выходными файлами.