Программа AquaCrop разработана в трех различных форматах, отвечающих требованиям пользователей:

- Стандартная программа AquaCrop с пользовательским интерфейсом и базой данных.

- Автономная программа AquaCrop: позволяет запускать несколько предопределенных "проектов" и сохранять результаты в выходных файлах для отдельных мест без использования графического интерфейса пользователя (GUI). Она может быть использована в приложениях, где требуется итеративный или многократный параллельный запуск. Проект" - это текстовый файл, который может быть составлен стандартной программой AquaCrop или создан пользователем с соблюдением структуры текстового файла проекта.

- AquaCrop-Github: разработан для облегчения использования модели AquaCrop при необходимости проведения большого количества симуляций, упрощения задачи генерации входных файлов и проектов, а также управления выходными файлами.