La Comisión normalmente celebra una reunión ordinaria cada bienio. También puede decidir convocar reuniones extraordinarias en caso necesario, previa aprobación del Consejo de la FAO.

La Secretaría de la Comisión prepara los documentos de trabajo e informativos para cada reunión. Por otra parte, encarga ocasionalmente estudios informativos sobre determinados asuntos de interés para la Comisión.

Los grupos de trabajo técnico intergubernamentales de la Comisión se reúnen cuando es preciso, no más de una vez al año, para examinar la situación de las cuestiones relacionadas con la biodiversidad en su ámbito de competencia, con el fin de asesorar y hacer recomendaciones a la Comisión.