La Commission tient habituellement une session ordinaire tous les deux ans. Elle peut aussi décider, le cas échéant, de tenir des sessions extraordinaires, sous réserve de l’approbation du Conseil de la FAO.

Le Secrétariat de la Commission élabore des documents de travail et d’information pour chaque session. En outre, il commande occasionnellement des études de référence sur des questions intéressant la Commission.

Les groupes de travail techniques intergouvernementaux de la Commission se réunissent selon les besoins et au maximum une fois par an afin d’examiner les questions relatives à la biodiversité dans leurs domaines de compétence respectifs. Ils adressent ensuite des avis et des recommandations à la Commission.