يسترشد عمل الهيئة بالخطة الاستراتيجية التي تتضمن رؤية الهيئة وبيانات مهامها، وأهدافها وغاياتها وبرنامج عملها المتعدد السنوات. وبرنامج العمل المتعدد السنوات المذكور هو خطة عمل تستغرق 10 سنوات تُغطي مختلف جوانب التنوع البيولوجي للأغذية والزراعة، بما يشمل الموارد الوراثية النباتية والحيوانية والمائية والموارد الوراثية للكائنات الدقيقة واللافقاريات، فضلاً عن المسائل المشتركة بين القطاعات ذات الصلة بعدة مكونات من التنوع البيولوجي للأغذية والزراعة أو مكوناته كلها، مثل تغيُّر المناخ والأمن الغذائي والتغذية، والحصول على المنافع وتقاسمها، والأهداف والمؤشرات، والمعلومات التسلسلية الرقمية.