La labor de la Comisión se guía por su Plan estratégico, el cual contiene la visión y las declaraciones de misión de la Comisión, sus metas y objetivos estratégicos y un Programa de trabajo plurianual. El Programa de trabajo plurianual es un plan de trabajo decenal de carácter progresivo que abarca la totalidad de la biodiversidad para la alimentación y la agricultura, incluidos los recursos genéticos de las plantas, los animales, los bosques, el medio acuático, los microorganismos y los invertebrados, así como una serie de asuntos intersectoriales pertinentes para varios componentes de la biodiversidad para la alimentación y la agricultura, o para todos ellos, tales como el cambio climático, la seguridad alimentaria y la nutrición, el acceso y la distribución de los beneficios, las metas e indicadores y la información digital sobre frecuencias.