Las tres prioridades que FAO ELS trabaja en el período 2016-2020 son las siguientes:
Área prioritaria 1. Políticas e institucionalidad pública con enfoque de derechos
Busca fortalecer los marcos legales, los procesos políticos y la creación o mejora de programas, planes y presupuestos e instrumentos que contribuyan a la Agricultura Familiar y a la Seguridad Alimentaria y Nutricional.
Área prioritaria 2. Agricultura familiar, desarrollo rural y alivio a la pobreza
Busca contribuir a elevar la disponibilidad y acceso a los alimentos, a través de modelos de gobernanza que permitan la territorialización de la política pública. Esta área prioritaria busca dinamizar la economía nacional para generar oportunidades y prosperidad a las familias, las empresas y al país.
Área prioritaria 3: Recursos naturales, cambio climático, gestión de riesgo y respuesta a emergencias
Busca el fortalecimiento institucional para contribuir al cuido de los medios de vida frente al cambio climático, a través de la adaptación de los sistemas productivos a la variabilidad del clima y la mejora en la calidad del suelo, así como la respuesta inmediata a emergencias.