تؤدي المنظمة دورًا حاسمًا في تعزيز قدرة البلدان على التأهب والاستجابة للحد من تأثير حالات طوارئ الصحة الحيوانية التي يمكن أن تهدد سبل العيش والأمن الغذائي، لا سيما في البلدان ذات الدخل المنخفض وذات البنى التحتية الضعيفة. وتُعدّ برامج الصحة الحيوانية في منظمة الأغذية والزراعة ضرورية لحماية الناس والحيوانات من تهديدات الأمراض الحيوانية، وذلك من خلال بناء القدرات للوقاية من تهديدات الأمراض واكتشافها والاستجابة لها والمساعدة في تجنب انتشارها على المستويات الوطنية والإقليمية والعالمية.

وتعمل المنظمة من خلال مركز الطوارئ لعمليات الأمراض الحيوانية العابرة للحدود, على بناء القدرات من أجل الوقاية من تفشي الأمراض الحيوانية المصدر وغير الحيوانية المصدر والكشف عنها والاستجابة لها في مكان ظهورها.

وتقود المنظمة من خلال مركز إدارة حالات طوارئ الصحة الحيوانية , الخاص بها، عملية إدارة طوارئ الصحة الحيوانية العالمية منذ عام 2006 باستخدام نهج صحة واحدة. وتقوم الوظائف الرئيسية للمركز على أربع ركائز: التأهب، والاستجابة، وتنسيق الحوادث، والتعاون وتعبئة الموارد.

ويعمل كل من مركز الطوارئ لعمليات الأمراض الحيوانية العابرة للحدود ومركز إدارة حالات طوارئ الصحة الحيوانية مع بعضهما البعض لزيادة القدرة على الصمود في وجه التهديدات العالمية المستقبلية وحماية العالم من أزمات الصحة الواحدة والثروة الحيوانية.