Este estudio explora la dinámica de los sistemas agroalimentarios indígenas en transición en tres territorios latinoamericanos: Sierra Norte de Puebla (México), Alta Verapaz (Guatemala) y Torotoro (Bolivia). Mediante encuestas a 569 agricultores indígenas, se examina cómo responden las comunidades locales a las presiones del cambio climático, la vulnerabilidad socioeconómica y la integración en el mercado. Los resultados revelan altos niveles de pluriactividad, autoproducción de alimentos para el consumo familiar y una importante dependencia de los mercados locales, junto con crecientes riesgos medioambientales como las sequías y la degradación del suelo. En un contexto de condiciones adversas, los hogares mantienen prácticas agroecológicas como la diversificación de cultivos y la conservación de semillas autóctonas, al mismo tiempo que utilizan insumos agrícolas convencionales para mantener la productividad. Las conclusiones ilustran que los sistemas agroalimentarios autóctonos no son estáticos, sino que adoptan estrategias híbridas que combinan tradición y modernidad para garantizar los medios de vida y la seguridad alimentaria en contextos cada vez más inciertos.