Esta investigación, se llevó a cabo, debido a la poca información nacional existente en hemoparásitos equinos y su objetivo fue determinar la prevalencia de babesiosis y tripanosomiasis, en el Valle de Aburrá y Rionegro, municipios de Antioquia (Colombia), así como algunos factores de riesgo asociados a la presentación de seropositividad, a estas enfermedades. En 223 predios, con una población de 1.008 equinos, se tomó muestra de sangre venosa, para realizar el diagnóstico serológico y molecular. La información epidemiológica fue obtenida, a través de la aplicación de una encuesta dirigida a las personas a cargo de los animales. Para el análisis estadístico, se aplicó Chi cuadrado de independencia y la Prueba Exacta de Fisher, cuando fue necesario. Para las asociaciones bivariadas, se calcularon estimaciones del riesgo (OR) por variable explicativa, con sus respectivos intervalos de confianza, del 95% (I.C. 95%). Se encontró una prevalencia del 11,9%, para babesiosis y de 1,9%, para tripanosomiasis; como factor de protección, se encontró el hecho de salir a una feria. Para la piroplasmosis, el lugar geográfico, el sexo, estar castrado, ser positivos a Anemia Infecciosa Equina (AIE), estrongílidos u oxiurus fueron factores de riesgo. Para tripanosomiasis, el factor de riesgo fue estar infestado con Dermacentor nitens o ser mular. Se deben reforzar métodos de vigilancia epidemiológica activa, sobre todo, en casos de movilización continua de equinos o desarrollo de eventos, que involucren presencia masiva de ejemplares.