Actualmente los grandes desafíos consisten en mejorar la institucionalidad en los países, fortalecer la capacidad y definir formas eficientes para una conservación efectiva de la biodiversidad marina y costera. Este proceso ha venido evolucionando lentamente en la región gracias a un apoyo significativo de las organizaciones no gubernamentales internacionales de esta área y en algunos países de la región que han identificado estas zonas como áreas prioritarias de conservación. Además, el Convenio sobre la Diversidad Biológica ratificado por la mayoría de los países latinoamericanos ha trazado metas claras de proteger el 10% de los ecosistemas relevantes en el caso marino costero al 2012. Es necesario fortalecer las redes de áreas marinas y costeras de la región, mejorar los aspectos de sensibilización de la sociedad civil, no solamente con las especies carismáticas sino con la necesidad de conservar aquella biodiversidad endémica y singular de los países. Para alcanzar tal objetivo es recomendable mejorar las formas de integración de los países para lograr un mayor intercambio en todos los ámbitos del quehacer de la creación, declaración y gestión de las áreas marinas costeras protegidas. Entre todos debemos marchar hacia una efectiva conservación de la biodiversidad marina y costera de la región reconociendo el papel que jugar en el monitoreo de los efectos del cambio climático, y definiendo acciones de adaptación para lograr la estabilidad ecológica de tierra y mar.