ФАО поддерживает партнерские отношения с Кыргызстаном со времени его вступления в Организацию в 1993 г. Впервые отделение ФАО в стране было открыто в 2009 г. В 2012 г. его расширили, а в 2014 г. был назначен Представитель ФАО в Кыргызской Республике. Это назначение ознаменовало переход от мероприятий чрезвычайного характера к работе в целях развития, центральное место в которой занимают оказание политической и институциональной поддержки и мобилизация ресурсов. Помощь ФАО Кыргызстану направлена на развитие сельскохозяйственного сектора, включая проекты в области растениеводства, животноводства и рыбного хозяйства, а также поддержку в части рационального использования земельных и лесных ресурсов в условиях изменения климата.