El FCC-EMPRES para la sanidad animal, la protección de plantas y la inocuidad de los alimentos engloba las principales capacidades técnicas de la FAO para hacer frente a las plagas y enfermedades transfronterizas de las plantas y los animales ―incluidas las plagas y enfermedades de especies acuáticas y forestales― así como los problemas relacionados con la inocuidad de los alimentos y la radiación, y para respaldar a los países en la lucha contra estas amenazas.

El sistema FCC-EMPRES aborda las amenazas transfronterizas de la siguiente manera:

• realizando un seguimiento de las amenazas, rastreando sucesos y elaborando informes sobre ellos, analizando los riesgos, velando por la detección y alerta tempranas, y respondiendo de forma oportuna;
• creando redes técnicas (por ejemplo, sobre epidemiología y vigilancia, laboratorios, aspectos socioeconómicos, etc.);
• mejorando las capacidades de los laboratorios y las unidades especializadas de los ministerios;
• fortaleciendo la preparación a través de simulaciones y planes de contingencia;
• elaborando nuevos instrumentos y técnicas de control ecológicas;
• mejorando el análisis de riesgos y repercusiones mediante el fomento de asociaciones con las autoridades nacionales, las organizaciones internacionales y regionales y las instituciones de investigación; y garantizando la comunicación con todas las partes interesadas;
• desarrollando las capacidades internacionales, regionales, nacionales y locales.