Las acciones del Componente de Coordinación Regional (CCR) de los PESA estuvieron orientadas a trabajar con las entidades aliadas que se consideraron estratégicas para ejecutar el Programa, entre las cuales pueden destacars

• Organizaciones de Integración Regional: Secretaría Ejecutiva del Consejo Agropecuario Centroamericano (SECAC), Secretaría Ejecutiva de la Comisión Centroamericana de Ambiente y Desarrollo (CCAD), Consejo de Ministros de Salud de Centroamérica (COMISCA), Consejo Superior de Universidades de Centroamérica (CSUCA), Foro de Presidentes de Poderes Legislativos de Centroamérica (FOPREL) y Parlamento Centroamericano (PARLACEN).
• Los principales programas regionales, tales como el Programa Regional de Seguridad Alimentaria y Nutricional para Centroamérica  (PRESANCA II), la Unidad Regional de Asistencia Técnica (RUTA) y la Iniciativa América Latina y Caribe sin Hambre 2025 (IALCSH). 
• Universidades y ONG Españolas como la Fundación ETEA, la Universidad Complutense de Madrid y Ayuda en Acción), así como organizaciones de la sociedad civil latinoamericana (Red Centroamericana de Seguridad y Soberanía Alimentaria – REDCASSAN–; Casa Comal, Diálogo Regional Rural), entre otras.