高病原性鳥インフルエンザ（HPAI、以下「鳥インフルエンザ」と呼びます）は、2003年末から2004年初頭にかけて東南アジア各国で、ほぼ同時期に発生が報告されました。ＦＡＯでは、アジア、アフリカ、東ヨーロッパ、コーカサス、中東、中南米の被害国及びリスクを持つ国において、FAO予算及びドナー国・機関の支援によって、組織の強化、情報システムの構築に務めてきました。

またFAOは、国際獣疫事務局（OIE）、世界保健機構（WHO）、世界銀行（WB）、欧州共同体（EC）と連携して、2004年・2005年・2006 年（上半期のみ）にそれぞれ106・166及び159の調査団を世界95か国に派遣し、被害国及びリスクを持つ国に対する技術指導等の支援を行ってきました。

さらに2004年には、総合的な対策のプラットフォームとしてＦＡＯに「越境性動物疾病緊急センター（ECTAD）」を設置しました。これはFAOにおける動物衛生に関する技術的な部局である「家畜生産・衛生部」と緊急事業の実施部局である「緊急支援・復興部」が一体となって鳥インフルエンザのような緊急事態に対処するための機関です。

このような過程を通じて、FAOとＯOIEは鳥インフルエンザをコントロールするための国際的な全体計画を作成し、研究調整、診断機能の強化、専門家の派遣などを行うために「ＯＩＥ-ＦＡＯ鳥インフルエンザ・ネットワーク（OFFLU）」を創設しました。世界規模での鳥インフルエンザ早期警報機能はFAO/OIE/WHO共通の関心事項であり、FAOに置かれた「世界食料情報早期警報システム（GIEWS）」を中心に活動を行っています。

なおFAOは、2005年9月に国連全体で取り組みを開始した「国連インフルエンザ調整システム（UNSIC）」においても、動物に由来する病気のコントロールに関する責任機関としての役割を負っています。

FAO駐日連絡事務所では、2003年末から2004年初頭にかけての発生当初から鳥インフルエンザ対策の重要性を関係者にお知らせしてきており、日本政府からFAOに対して鳥インフルエンザの発生源である東南アジア各国を対象に以下のような支援を受け、各国におけるＦＡＯ事業が円滑に実施されるよう調整を行ってきています。 　

▽　外務省

カンボジア、インドネシア、ラオス、ベトナムの４か国を対象に、ＦＡＯを通じて約160万ドルの資金拠出をし、2004 年3月から2005年12月まで、汚染地域における資機材の供与、家畜衛生センターで必要な資機材の供与、家畜衛生職員・農民等を対象とした研修などを行いました。

▽　農林水産省

カンボジア、インドネシア、ラオス、マレーシア、ミャンマー、フィリピン、タイ、ベトナムの8か国を対象に、FAOを通じて約1,080万ドルの資金拠出をし、2006年4月から有効な鳥インフルエンザ対策の検討、情報収集・分析能力の向上、現場における防疫実施能力の向上、家畜衛生職員・農民等を対象とした研修などの活動を行ってきており、現在も継続中です。