С 2006 года Управляющий орган Международного договора и Комиссия по генетическим ресурсам для производства продовольствия и ведения сельского хозяйства активно взаимодействуют друг с другом, и оба органа неоднократно подчеркивали необходимость поддержания тесного сотрудничества.

Комиссия и Международный договор постоянно развивают свое сотрудничество в области информационных систем, в частности Глобальной информационной системы Международного договора (ГЛИС) и Всемирной системы информации и раннего предупреждения по проблемам генетических ресурсов растений для производства продовольствия и ведения сельского хозяйства (ВСИРП). Они также подчеркивают важность совместной работы по вопросам сквозного характера, таким как доступ и распределение выгод, политика Организации Объединенных Наций, индикаторы и целевые показатели, касающиеся биоразнообразия для производства продовольствия и ведения сельского хозяйства, а также новые проблемы, в частности цифровая информация о последовательности генетических оснований.

Международный договор был согласован через Комиссию, которая после его принятия действовала в качестве Межсессионного комитета до первой сессии Управляющего органа (2006 год). Международный договор стал результатом пересмотра Международного проекта по генетическим ресурсам растений, который был произведен во исполнение резолюции 7/93 Конференции ФАО. В этой резолюции Комиссии было предложено привести Международный проект в соответствие с положениями Конвенции о биологическом разнообразии и рассмотреть вопрос доступа к генетическим ресурсам растений на взаимосогласованных условиях, а также вопрос об осуществлении прав фермеров.

В статье 14 Международного договора отмечено, что переходящий Глобальный план действий имеет важное значение для Договора и что "Договаривающиеся Стороны должны содействовать его эффективному осуществлению, в том числе посредством принятия мер на национальном уровне и в надлежащих случаях путем налаживания международного сотрудничества, для создания целостной системы, обеспечивающей, среди прочего, развитие потенциала, передачу технологии и обмен информацией", с учетом положений, касающихся Многосторонней системы Международного договора. Комиссия ведет мониторинг и содействует осуществлению второго Глобального плана действий по генетическим ресурсам растений для производства продовольствия и ведения сельского хозяйства. Мониторинг Стратегии финансирования Международного договора позволяет Управляющему органу контролировать ресурсы, имеющиеся в наличии для осуществления второго Глобального плана действий.

При этом в статье 17.3 Международного договора указано, что "Договаривающиеся Стороны сотрудничают с Комиссией ФАО по генетическим ресурсам для производства продовольствия и ведения сельского хозяйства при проведении ею периодической переоценки состояния имеющихся в мире генетических ресурсов растений для производства продовольствия и ведения сельского хозяйства в целях содействия обновлению переходящего Глобального плана действий, о котором идет речь в статье 14". В статье 15.1d Международного договора говорится о "стандартах генных банков, утвержденных Комиссией ФАО по генетическим ресурсам для производства продовольствия и ведения сельского хозяйства".

С момента своего создания в 1983 году Комиссия помогала координировать и проводить ряд важнейших международных инициатив по повышению осведомленности о проблеме эрозии генетических ресурсов растений. Комиссия возглавляет согласованные политические усилия по содействию сохранению и устойчивому использованию. Сведения о работе Комиссии по генетическим ресурсам растений можно найти на ее веб-странице.

Группа "Семена и генетические ресурсы растений" Отдела растениеводства и защиты растений ФАО (NSP) оказывает странам-членам помощь в разработке эффективных мер политики и в развитии потенциала по внедрению комплексного подхода к сохранению и устойчивому использованию генетических ресурсов растений для производства продовольствия и сельского хозяйства, включая системы семеноводства, в целях увеличения производства сельскохозяйственных культур и достижения продовольственной безопасности. Подробнее о работе этого отдела можно узнать, посетив веб-страницу NSP.

Комиссия и Международный договор вносят свой вклад в обеспечение сохранения и устойчивого использования генетических ресурсов растений разными, но взаимодополняющими способами.