Em julho de 2008 foi assinado um acordo entre a FAO e o Governo Português para o estabelecimento de um Escritório da FAO em Lisboa, Portugal, com os seguintes objetivos:

• promover a visibilidade e criar relações mais fortes entre a FAO e os principais parceiros, incluindo a Comunidade de Países de Língua Portuguesa (CPLP), os governos da CPLP, através das suas Embaixadas em Portugal e Missões junto da CPLP, ONGs e sociedade civil, institutos académicos e de investigação e o sector privado;
  
• disseminar e trocar informação e conhecimento com os Estados membros da CPLP para apoiar e fortalecer a sua cooperação técnica e esforços coletivos no combate à fome e pobreza, nomeadamente no que diz respeito à Estratégia Regional de Segurança Alimentar e Nutricional (ESAN-CPLP);
  
• familiarizar a opinião pública com o trabalho da FAO, sensibiliza–la para a questão da fome e proporcionar maior notoriedade da FAO nos meios de comunicação social.
  

O Escritório da FAO em Lisboa, Portugal, abriu em outubro de 2009 e começou por funcionar em instalações gentilmente cedidas pelo Governo Português, no Ministério dos Negócios Estrangeiros. Em 2012, para assinalar a consolidação das relações entre a FAO e a Comunidade de Países de Língua Portuguesa (CPLP) e com o objetivo de estreitar e potenciar ainda mais o trabalho do Escritório da FAO em Portugal com esta organização, o mesmo passou a funcionar na Sede da CPLP.

Em julho de 2012 foi assinado ente a FAO e Portugal um Acordo Quadro de Cooperação com o objetivo de promover as relações entre ambas as partes para o desenvolvimento de atividades no âmbito da agricultura, das pescas e da alimentação, a desenvolver particularmente nos Países Africanos de Língua Portuguesa (PALOP) e Timor-Leste. No âmbito da implementação deste Acordo têm sido realizadas reuniões regulares entre a FAO e Portugal em Lisboa e em Roma, na sede da FAO.

O Escritório da FAO em Lisboa, Portugal, tem desenvolvido um programa de trabalho conjunto com o Ministério da Agricultura e Mar, nomeadamente, com a Secretaria de Estado da Alimentação e Investigação Agroalimentar e a Secretaria de Estado das Florestas e Desenvolvimento Rural. Têm sido realizadas atividades de colaboração no âmbito dos seguintes temas: 2014 Ano Internacional da Agricultura Familiar, desperdício alimentar, celebração do Dia Mundial da Alimentação e Estratégia de Segurança Alimentar e Nutricional da CPLP (ESAN-CPLP).

De destacar o acompanhamento por parte da FAO Portugal do desenvolvimento da iniciativa Plataforma SKAN (Sharing Knowledge Agriculture Network), uma rede virtual que pretende promover a partilha de conhecimento e tecnologia de Portugal com outras empresas e instituições de toda a Europa, África e América Latina nos setores agrícola, alimentar e florestal. Esta iniciativa foi lançada em conjunto pelos Ministérios da Agricultura e Mar, Negócios Estrangeiros e Educação e Ciência.

No âmbito do Ministério de Estado e dos Negócios Estrangeiros, o Escritório da FAO em Portugal faz parte do Grupo de Trabalho criado pelo Camões – Instituto da Cooperação e da Língua para a elaboração de uma Estratégia da Cooperação Portuguesa para a Segurança Alimentar e Nutricional.

O Escritório da FAO em Portugal tem também desenvolvido atividades conjuntas com a Comissão Nacional da UNESCO, nomeadamente no âmbito das comemorações do Ano Internacional da Agricultura Familiar, através de seminários e palestras realizados nas escolas e centros associados da UNESCO em Portugal, bem como de outras iniciativas de divulgação de temas comuns.