Tras las solicitudes de varios grupos de partes interesadas de extender el alcance del FMB más allá de las comisiones de trabajo y fuerzas de tarea, la Secretaría del FMB ha establecido las siguientes comisiones dedicadas:
- Comisión sobre Certificaciones
- Comisión sobre los Pequeños Productores
- Comisión Nacional para Ecuador
- Comisión Nacional para Colombia
- Comisión Regional para Africa
- Comisión Regional para América Latina y el Caribe