À la suite de demandes spécifiques émanant de divers groupes de parties prenantes visant à élargir le champ d'action du FMB au-delà des groupes de travail et des équipes spéciales, le Secrétariat du FMB a mis en place les commissions spécialisées suivantes :
- La Commission sur les certifications
- La Commission des petits producteurs
- La Commission nationale pour l'Équateur
- La Commission nationale pour la Colombie
- La Commission régionale africaine (CRA)
- La Commission régionale pour l'Amérique latine et les Caraïbes (CRALC)