La plupart des pays de la région n'ont pas de législation particulière à l'aquiculture. Juridiquement parlant, l'aquiculture n'est ni agriculture, ni élevage, ni industrie, aussi nulle loi propre à ces divers domaines ne lui est applicable. Les lois sur les pêches, lorsqu'elles existent, peuvent servir en partie à protéger l'aquiculture, mais elles sont en général adaptées aux besoins de ressources considérées bien public et donc impropres à fournir le cadre juridique indispensable au développement de l'aquiculture en tant qu'industrie distincte. Dans l'état actuel du développement, l'acquisition dés terres perdues indispensables à l'aquiculture ne pose pas de problèmes graves, mais avec l'expansion de cette industrie et les besoins croissants de superficies, il y aura 'inévitablement des difficultés juridiques. Un ensemble de lois permettant l'acquisition d'endroits appropriés, la construction des installations nécessaires, la fourniture des stimulants normalement accordés aux nouvelles industries de production alimentaire, tels que subventions, dons, prêts et exemptions fiscales, des tarifs spéciaux pour l'eau et l'électricité, l'importation du matériel et des fournitures essentielles, la propriété des stocks aquicoles, la protection contre le braconnage et la destruction des stocks, la lutte contre les maladies des poissons et coquillages, la commercialisation des produits aquicoles, etc., seront autant d'importantes contributions pour attirer les investissements dans ce secteur.
Un bon nombre de pays africains imposent des restrictions d'une forme ou d'une autre aux importations d'espèces exotiques et les Départements des pêcheries sont souvent appelés à participer à la prise des décisions. Toutefois, il est fréquent que ces dernières soient arbitraires et nuisent aussi bien à l'expansion de l'aquiculture qu'a celle de la pèche de prise.
La pollution des eaux aura des effets très néfastes sur l'aquiculture, qu'il faut donc protéger par l'établissement de zones réservées et autres mesures de protection. Actuellement, la pollution par les pesticides constitue un grave danger pour l'aquiculture en Afrique et il faudra concevoir des mesures efficaces en coopération avec les services de l'agriculture et de la santé publique pour protéger les stocks et prévenir la contamination des produits aquicoles. Comme il l'a déjà été démontre dans quelques pays, l'aquiculture pourrait fournir, un moyen de recyclage des déchets agricoles et animaux au sein des systèmes de production bien diriges. Il y aurait lieu de favoriser largement de tels systèmes de culture dans l'intérêt général de l'aménagement de l'environnement.
Les restrictions imposées dans nombre de pays africains par les règlements de la santé publique à l'établissement d'étangs aquicoles et d'autres plans d'eau stagnante, de crainte de voir se propager le paludisme et la bilharziose, se relâchent progressivement depuis qu'il a été clairement démontre que les étangs convenablement aménages ne font courir aucun risque à la santé publique.
