Une fois arrêtées les décisions majeures sur la stratégie générale (navire, engin, saison et zone d'étude, schéma de stratification et allocation des stations, opérations réparties sur 24 ou 12 heures, vitesse et durée des traits) reste encore une part importante de planification et de préparation. Il faut notamment définir un agenda situant dans le temps les différentes parties de l'étude, préparer les scientifiques et l'équipage, rassembler les fournitures et le matériel d'échantillonnage, etc. Cette section se contentera de dégager brièvement les points essentiels; d'autres manuels devront être consultés si l'on souhaite obtenir des détails complémentaires (cf. par exemple Grosslein, 1969a et 1969b; Doubleday, 1981).
Les stations doivent être choisies avant les campagnes et reportées sur les cartes qu'utiliseront les officiers de navigation. Dans un échantillonnage stratifie, ceci implique simplement le choix d'un échantillon aléatoire simple de stations à l'intérieur de chaque strate, avec ou sans remise. Un tirage sans remise tend à répartir les stations de façon légèrement plus uniforme, mais tend aussi à accroître faiblement la variance dans les strates. Selon nous, les bénéfices d'un échantillonnage sans remise font mieux qu'en compenser les inconvénients mais les différences sont très faibles.
Les secteurs connus comme non chalutables devraient être exclus d'emblée, avant la définition du schéma de stratification. Durant chaque campagne, les points nouvellement reconnus comme non chalutables doivent être soigneusement enregistrés. La définition des strates doit être revue en conséquence au fur et à mesure que l'étude s'avance. La réparation ou le remplacement des engins endommagés, combinés avec les pertes de temps associées, peuvent se révéler trés coûteuses, lorsque l'on tente de chaluter sur des fonds difficiles. Dans certains secteurs, il peut être nécessaire de pêcher essentiellement aux mêmes endoits campagne après campagne, en raison des risques d'avaries, liés par exemple au rebord des canyons ou aux blocs de corail. D'autres engins, tels que des pièges divers ou des filets maillants, peuvent convenir à ces fonds non chalutables.
La sélection du chemin suivi au long de la campagne peut se faire mathématiquement, de façon à minimiser la distance parcourue. Toutefois des contraintes pratiques viennent presque systématiquement limiter l'intérêt d'un choix guidé par des considérations strictement mathématiques. Un simple plan de croisière empirique, guidé par le bon sens, s'avère généralement satisfaisant, et dans la plupart des cas le trajet devra être de toute façon modifié, ou interrompu, en fonction de la météorologie ou de toute autre contrainte.
A l'arrivée sur une station, il convient de suivre des procédures de routine qui vont être présentées. Des mesures océanographiques (température, salinité, etc.) sont souvent effectuées d'emblée, avant le trait de chalut. Dans l'idéal la direction du trait devrait être tirée au hasard à chaque station, à moins qu'il ne soit possible de chaluter dans une direction constante par rapport au courant. Cette dernière possibilité suppose une information précise en temps réel, rarement disponible. En pratique, il est souvent impossible de chaluter dans une direction strictement aléatoire, en raison du tracé des isobathes, ou de la proximité de fonds difficiles à travailler. De toute façon, les problèmes de coût sont suffisamment importants pour que l'organisation des campagnes de chalutage fasse en sorte que le coup de chalut soit donné dans la direction de la station suivante, afin de réduire les temps de déplacement.
La procédure suivie pour filer et traîner le chalut doit être exactement la même à chaque station, tout en permettant évidemment d'ajuster la longueur de fune à la profondeur. Il convient à nouveau de souligner que le gréement du chalut et le réglage des panneaux doivent être strictement standardisés, de même que la vitesse. L'efficacité du chalut, en terme de puissance de pêche, dépend probablement, et de la vitesse sur l'eau, et de la vitesse sur le fond. Les deux notions ne sont pas nécessairement confondues, de par l'influence des courants. Qui plus est, la vulnérabilité des poissons peut dépendre de l'orientation du trait par rapport à la direction et à la force du courant, qui peut affecter l'orientation des poissons. Ceci est particulièrement vrai pour les poissons proches ou directement sur le fond. De même, l'ouverture horizontale et verticale du chalut peut varier selon que l'on chalute avec ou contre le courant même si la vitesse sur l'eau a été standardisée à l'aide d'un loch. Il n'est pas possible de standardiser simultanément la vitesse sur l'eau et sur le fond. Le choix dépendra de l'équipement disponible. Si aucun loch n'est disponible, faute de mieux on se référera au nombre de tours par minute et à la durée des traits. Un ajustement de la longueur effective du trait peut alors être effectué après coup, si l'équipement de navigation est d'une précision suffisante.
En cas d'avarie du chalut, un protocole doit être établi qui permette de décider si le trait doit ou non être pris en compte. De même, en cas de rencontre de fonds difficile, une règle de décision doit être, pour choisir un autre point de chalutage. On retiendra par exemple la prochaine unité d'échantillonnage (au sens de la Section 2,2) dans la direction de la station suivante selon le plan original (cf. par exemple Grosslein, 1969a; Doubleday, 1981).
Il n'est pas possible d'établir un protocole d'échantillonnage optimal sans une liste détaillée de tous les types d'information biologique recherchés, rangés selon leur priorité respective. Il est de même indispensable de connaître de façon précise les caractéristiques pratiques du bateau pour l'échantillonnage (surface du pont, surface des laboratoires, etc.), l'effectif de l'équipe scientifique embarquable, le type de matériel de prélèvement, etc. Il suffira ici d'indiquer que les données minimales de base doivent comprendre dans les études multispécifiques le poids total et un échantillon de distributions de longueur pour chacune des espèces capturées. La taille de l'échantillon et la procédure d'échantillonnage varient selon les circonstances mais impliquent presque toujours le tri des espèces majeures, avant le prélèvement d'échantillons stratifiés (selon les longueurs) pour estimer les distributions de longueur.
La capture totale des poissons de taille faible et uniforme est souvent simplement enregistrée en nombre de paniers de poissons non triés. Un petit échantillon aléatoire de panier est alors pesé, trié par espèces et échantillonné pour des mesures de longueur. Il est alors essentiel d'utiliser une démarche qui fournisse un échantillon non biaisé de la capture quand un seul échantillon est analysé et de noter soigneusement la taille exacte et la nature de cet échantillon, de sorte que les facteurs d'élévation adéquate puissent être calculés. Des exemples détaillés de telles procédures sont fournis par Grosslein, (1969a).
Enregistrer soigneusement en mer les informations est tout aussi important que de veiller à utiliser des méthodes de chalutage standardisées et de faire appel à des techniques appropriées d'échantillonnage des captures. Là encore, les données exactes à enregistrer et le dessin optimal des bordereaux varient selon la nature de l'information cherchée, la formation et l'importance des équipes scientifiques, de même que selon les traitements de données envisagées.
Nous supposerons que les données sont enregistrées sur un bordereau quelconque, en vue d'un traitement ultérieur à terre. Les bordereaux d'enregistrement doivent être concus par les scientifiques qui seront responsables de la collecte et du traitement des données. Ils doivent permettre de noter toutes les informations essentielles, mais être simples et compacts. Clarté et exactitude doivent avoir la priorité. Pouvoir reporter l'essentiel des informations (données générales relatives à la station, résultats biologiques sur les captures et les échantillons) sur un même bordereau présente des avantages. Ceci permet de réduire le temps consacré en mer aux écritures et évite d'avoir à identifier les différents bordereaux d'une même station. On pourra trouver des exemples de bordereau pour campagnes de chalutage et de méthodes pour tenir les registres, dans plusieurs documents, distribués pour certains durant le séminaire (Grosslein, 1969a; Halliday et kohler, 1971; Doubleday, 1981). Il est extrêmement important que le scientifique, assumant la responsabilité du quart, vérifie que chaque bordereau soit exacte et complet, avant que s'achève l'échantillonnage sur une station. L'unique bordereau utilisé dans les études sur la côte est des Etats-Unis présente un double usage: enregistrement des données en mer, codage et saisie des données, entrées ainsi dans un système de traitement automatique.
