Se utilizaron los siguientes principios para el desarrollo de las directrices y recomendaciones:
Los patógenos/enfermedades que merecen ser considerados como candidatos para la vigilancia y la zonación son principalmente: de etiología infecciosa; enfermedades catalogadas como significativas para el comercio internacional (como aparece en el Código Acuático de la OIE); enfermedades infecciosas significativas a nivel regional, nacional o local; y nuevas enfermedades infecciosas emergentes.