Résumé
Abstract
Introduction
Présentation du système d'investigation
Investigations complémentaires
Investigations sur les affections respiratoires des petits ruminants
Conclusion
O. Faugère, B. Faugère, Ch. Moulin et M. Ndiaye
ISRA- IEMVT
Laboratoire national de l'élevage et de recherches vétérinaires,
B.P. 2057,
Dakar-Hann (Sénégal)
Une rapide description du "Système d'investigation pluridisciplinaire" mis en oeuvre au Sénégal permet de montrer comment s'articulent les contributions des diverses disciplines des sciences de l'élevage autour d'un objet d'étude commun: l'animal. L'exemple de l'investigation en matière d'affections respiratoires des petits ruminants illustre une démarche progressive qui comporte:
1. Identification et dimensionnement du problème: taux de mortalité par pneumopathies suivant les régions.2. Protocole spécifique ciblé sur le problème identifié pour préciser les éléments déjà connus: examen clinique systématisé de la sphère respiratoire à chaque visite dans le but de préciser quelles classes d'âge sont atteintes, à quelle époque, avec quelle incidence.
3. Protocole spécifique pour approfondir la connaissance de l'origine du problème: suivi sérologique de cohortes de jeunes animaux pour préciser l'étiologie des affections rencontrées (mise en relation avec les examens cliniques).
4. Protocole d'étude de l'environnement pour identifier les facteurs liés à ce problème: conditions de logement, d'alimentation, etc., liées aux affections respiratoires.
5. Mise en relation des informations des quatre points précédents avec les données de performances de reproduction et de croissance pour donner une estimation complète du problème.
6. Formulation de propositions d'amélioration issues des investigations précédentes à tester sur le terrain.
7. Expérimentations en milieu villageois des propositions d'amélioration pour en évaluer le coût-bénéfice.
8. Formulation de recommandations aux agents du développement
Cette démarche conduit les chercheurs à utiliser un nombre croissant d'informations issues des protocoles de recherche des autres chercheurs, ce qui est rendu possible par le fait que le matériel de travail est commun et qu'il est étudié par tous à l'échelle individuelle.
A brief description of the "Multidisciplinary survey system ", which has been introduced in Senegal, outlines how the various disciplines in livestock production science have linked in the study of a common subject: the animal. The example of the investigation of respiratory diseases in small ruminants illustrates a progression of steps comprising:
1. Identification and localisation of the problem: mortality rate by disease and region2. Study of the problem identified to determine the extent of the known components: Clinical examination of the respiratory tract during each visit to determine and identity the age-classes affected, when they are infected and the incidence of the disease
3. Study of the causal agents: Serological survey of groups of young animals to establish the aetiology of the disease
4. Environmental study to identity other factors associated with respiratory diseases: housing, feeding practices etc
5. Relation of data on the four points mentioned above to data on reproduction and growth performances to give a complete evaluation of the problem
6. Development of improvements, based on earlier surveys, to be tested in the fiels
7. Village studies to determined the costs and benefits of the proposed improvements
8. Formulation of recommendations for development agents.
This process led the researchers to use a growing number of results arising from research protocols of other researchers, which was made possible by the fact that material studied was common to all studies.
Un "système d'investigation pluridisciplinaire" est mis en oeuvre au Sénégal dans le cadre du programme de recherches "Pathologie et productivité des petits ruminants" (programme PPR) réalisé par l'Institut sénégalais de recherches agricoles (ISRA) et l'Institut d'élevage et de médecine vétérinaire des pays tropicaux (IEMVT).
Après une rapide description du système d'investigation, nous verrons, à partir de l'exemple des affections respiratoires des petits ruminants, comment on peut mener une démarche de recherche progressive, impliquant un nombre croissant de chercheurs de différentes disciplines des sciences de l'élevage, élaborant chacun des protocoles d'investigation centrés sur un même objet.
L'architecture du système est basée sur un suivi démographique et le contrôle des performances individuelles. Les produits qui en sont attendus sont:
· une parfaite connaissance de la population objet d'étude (effectifs, structure, mouvements);· une évaluation précise et fiable des performances des animaux;
· Une identification rigoureuse des facteurs de variation des performances, notamment ceux d'ordre pathologique et ceux liés aux pratiques d'élevage.
Les animaux suivis sont identifies individuellement à l'aide d'une boucle auriculaire numérotée. Les troupeaux de petits ruminants sont visités chaque quinzaine par des observateurs ayant une bonne formation de base en zootechnie et en pathologie.
Trois éléments sont considérés comme fondamentaux et représentent le noyau de base du système: un suivi démographique, un suivi pondéral et un suivi sanitaire. Ce noyau, support de travail de tous les chercheurs impliqués, doit être maintenu plusieurs années sans rupture de suivi.
Un suivi démographique
L'unité d'observation est l'animal, mais l'unité de travail est le troupeau de concession: c'est le premier niveau de regroupement observable sur le terrain; il correspond aux animaux séjournant la nuit dans un même enclos. L'objet du suivi est de saisir, à la frontière de ces troupeaux, tous les flux d'entrée (naissance, immigration, achat, troc, etc.) et de sortie (mort, exploitation, vente, don, etc.). Les performances de reproduction, les caractéristiques de l'exploitation et de la mortalité des animaux sont ainsi appréhendés à l'échelle de l'individu.
Un suivi pondéral
Il permet de caractériser la carrière de croissance de l'individu par l'évaluation des poids à âge type et des gains moyens quotidiens.
Un suivi sanitaire
Son objet est d'identifier les causes de mortalité et de décrire l'évolution de l'état sanitaire de l'animal au cours de son existence. Il apporte ainsi un élément de caractérisation de la carrière d'un individu au même titre que sa reproduction ou sa croissance.
Parallèlement à ces trois suivis, il se développe des modules d'investigation considérés comme complémentaires (figure 1) et destinés à renseigner la base de données pluridisciplinaire, en ce qui concerne par exemple les pratiques d'élevage, l'environnement sanitaire, ou les parcours. Ces modules dits "périphériques" s'articulent autour du noyau de base et correspondent à autant de protocoles de durée limitée, mis en place pour répondre à des questions soulevées par les chercheurs thématiques.
Enfin, il est possible de greffer sur cet ensemble des modules expérimentaux correspondant à des actions volontairement menées par l'équipe de recherche pour modifier le milieu d'étude, en introduisant un élément supposé améliorateur. Leurs effets sont ensuite évalués à travers la structure d'investigation. Il s'agit par exemple d'actions prophylactiques (vermifugation, vaccination, etc.) ou d'actions de complémentation alimentaire.
Figure 1. Schéma du modèle d'investigation
Ce système d'investigation est mis en place au niveau de différents sites géographiques au Sénégal, constituant ainsi un véritable réseau de suivi Figure 2). Cette notion de sites d'investigation multiples complète la présentation de l'architecture d'ensemble.
Précisons encore que la gestion de l'information est nécessairement informatisée et qu'elle est réalisée à l'aide d'un progiciel élaboré pour les besoins de ce système, dénommé PANURGE. Ses caractéristiques principales sont: une utilisation conversationnelle, de très nombreuses procédures de validation de l'information, et l'organisation de l'information après un prétraitement de manière à la rendre accessible et directement utilisable.
Les affections respiratoires des petits ruminants, dominante pathologique au Sénégal, permettent d'illustrer l'articulation entre les modules d'investigation. Pour l'étude de ce thème, les modules impliqués sont:
Figure 2. Implantation des suivis au Sénégal
· ceux du noyau de base: les suivis démographique, sanitaire et pondéral;· un module de suivi clinique spécifique centré sur la sphère respiratoire;
· un module de suivi sérologique;
· un module d'étude de l'environnement et des pratiques d'élevage, en fait impliqué dans un grand nombre de thèmes de recherche.
La démarche retenue procède en cinq étapes:
· identifier, décrire et dimensionner cette entité morbide (épidémiologie descriptive);· rechercher un indicateur simple à observer, fiable, permettant de procéder à des investigations exhaustives;
· analyser la pathogénie de ces affections en mettant en oeuvre des protocoles d'étude ponctuels (épidémiologie analytique);
· évaluer l'impact de ces affections en termes de production en reliant cet ensemble d'informations aux données concernant les performances (épidémiologie synthétique);
· expérimenter des méthodes de lutte.
La première phase, descriptive, est abordée grâce aux suivis démographique et sanitaire et permet de préciser l'évolution dans l'espace, l'évolution dans le temps, les classes d'animaux atteints, etc.
Il est ainsi possible d'établir (tableau 1) les points suivants:
· les mortalités à la suite d'affections respiratoires intéressent les ovins et les caprins dans des proportions comparables;· cette pathologie est plus meurtrière dans le centre et le sud du pays que dans le nord;
· les mortalités sont surtout importantes entre novembre et avril, durant la saison sèche fraîche;
· les mortalités interviennent surtout dans le jeune âge, dans les mois qui suivent le sevrage (4 à 8 mois d'âge).
Tableau 1. Part des mortalités liées à des affections respiratoires parmi les mortalités d'origine pathologique
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Ovins |
Caprins | ||
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Nord |
10% |
(13%) |
7% |
(16%) |
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Centre |
41 % |
(19%) |
49% |
(23%) |
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Sud |
25% |
(27%) |
40% |
(29%) |
(Entre parenthèses = quotient de mortalité globale toutes circonstances confondues)
La seconde phase, l'identification d'un Indicateur clinique, est abordée en réalisant un suivi clinique spécifique centré sur la sphère respiratoire. En pratique, il s'agit d'examiner chacun des animaux, à chaque visite bimensuelle, pour relever la présence ou l'absence de jetage nasal, de toux, de dyspnée et de diarrhée, cette dernière étant fréquemment associée aux symptômes respiratoires. Les premiers résultats obtenus nous portent à penser que la prévalence moyenne du jetage dans un troupeau pourrait être l'un de ces indicateurs. Elle est en effet corrélée, comme le montre la figure 3, au quotient de mortalité à la suite d'affection respiratoire.
La troisième phase, l'étude de la pathogénie, est abordée par deux voies: l'étiologie et l'écopathologie.
Une investigation étiologique
Un échantillon de 600 jeunes animaux nés sur une période de 18 mois a fait l'objet d'un suivi sérologique en vue d'établir la cinétique de l'infection par les principaux agents infectieux des pneumopathies. Les prélèvements ont été effectués à intervalle de 45 jours, de l'âge de 15 jours à l'âge de 1 an. Lors du premier prélèvement sur le jeune, la mère faisait aussi l'objet d'un prélèvement.
L'analyse de ces suivis permettra de:
· calculer la prévalence et l'incidence sérologique des différents agents infectieux;· observer leurs associations et leur ordre d'apparition;
· suivre la cinétique des anticorps animal par animal, et d'interpréter la réponse sérologique du jeune en tenant compte de celle de la mère;
· suivre l'évolution dans le troupeau et de noter les variations saisonnières.
En reliant ces informations à celles du suivi clinique spécifique, il sera possible d'établir la liaison (ou au contraire l'absence de liaison) entre une conversion sérologique (une infection) et une expression clinique (une affection) ou une issue mortelle.
Il serait bien entendu intéressant de compléter cette investigation par l'analyse de prélèvements biologiques réalisés sur animaux malades ou sur cadavres. Ce protocole, complexe à mettre en oeuvre compte tenu des contraintes de terrain, n'est pas encore réalisé au Sénégal.
Une investigation écopathologique
Des enquêtes répétées dans les troupeaux suivis permettent d'établir pour chaque éleveur les pratiques d'élevage qu'il met en oeuvre: logement, conduite sur parcours, complémentation, traite, etc.
En reliant ces informations aux informations issues du suivi clinique spécifique et du suivi démographique (mortalité) il est possible d'identifier des facteurs de risque des affections respiratoires.
Il a par exemple été possible, dans la partie sud du pays, d'établir une liaison entre l'état de propreté du logement et sa protection des intempéries d'une part, et la prévalence du jetage dans un troupeau d'autre part.
La quatrième phase, l'évaluation de l'impact, pourra être abordée lorsque nous disposerons de l'ensemble des informations précédentes. Elles seront reliées aux données de performances de reproduction (suivi démographique) et de croissance (suivi pondéral) pour établir avec précision le coût réel (affections bénignes comprises) de ces affections en termes de mortalité et en termes de baisse de performances.
La cinquième phase, expérimentale, pourra être abordée:
· pour établir la liaison de cause à effet entre un facteur de risque et ces affections. Par exemple, l'amélioration des conditions de logement dans les troupeaux dans lesquels on enregistre une forte prévalence du jetage, conduit-elle à une réduction sensible de l'incidence des affections respiratoires et une amélioration des performances zootechniques?· pour établir le coût-bénéfice et la faisabilité d'actions de lutte contre les affections respiratoires telles que:
· la vaccination contre certains agents pathogènes;
· la modification de certaines pratiques d'élevage impliquées dans la pathogénie de ces affections.
Nous ne pouvons pas conclure cet exposé qui souligne les avantages d'une démarche de ce type sans en souligner également les contraintes.
Les plus frappantes sont:
· la nécessité de disposer d'un financement suffisant pour mener un programme de recherche sur un terme de plusieurs années;· un partage du temps entre les activités de recherche et les activités de gestion et de maintenance du système, indispensables au fonctionnement du programme;
· la diversité et l'importance du nombre de données collectées, qu'il faut articuler entre elles, posent des problèmes méthodologiques nouveaux de gestion et d'analyse de l'information.
On ne peut pas non plus conclure sans souligner la dynamique originale et les pratiques de recherche nouvelles que génère ce type de système, ne serait-ce qu'en amenant les chercheurs de différentes disciplines à concevoir et à conduire conjointement des protocoles sur un même matériel animal.
La succession des phases de recherche présentées dans la deuxième section de cet article peut subir quelques modifications. Il est ainsi possible, lorsque l'on est astreint à des résultats rapides, et c'est toujours le cas, de mettre en place des expérimentations prophylactiques avant que les résultats des phases précédentes soient acquis. C'est ce que nous avons réalisé au Sénégal et qui fait l'objet d'une autre communication à cette conférence.
