Le phénomène El Niño est généralement associé à des précipitations supérieures à la moyenne, observées entre les mois d’octobre et de décembre dans la Corne de l’Afrique. Les pluies causent des inondations et des glissements de terrain, ce qui nuit à l’agriculture et accroît le risque de maladies. Des précipitations inférieures à la moyenne sont observées dans les zones occidentales à régime unimodal d’Afrique de l’Est (ouest de l’Éthiopie, Soudan, Soudan du Sud, Ouganda, ouest du Kenya) entre juillet et septembre. Dans la majeure partie de l’Afrique australe, ces dernières années, on a observé une baisse des précipitations attribuée à El Niño, entre novembre et mars, au moment de la principale campagne agricole. Cette situation risque de compromettre les perspectives de récolte et la productivité des élevages et d’aggraver la situation dans les pays confrontés à des problèmes d’approvisionnement alimentaire et ayant un taux élevé d’insécurité alimentaire. En Afrique de l’Ouest et au Sahel, El Niño provoque généralement des précipitations inférieures à la moyenne entre juillet et septembre, ce qui coïncide avec la principale campagne agricole. La situation pourrait s’aggraver dans les pays qui connaissent des difficultés d’approvisionnement alimentaire et sont de plus en plus tributaires des importations, compte tenu de la hausse des prix des denrées alimentaires au niveau mondial.

Dans la partie septentrionale de l’Amérique du Sud, le phénomène El Niño engendre des précipitations inférieures à la moyenne entre juin et mars. En Amérique centrale, notamment dans le couloir sec, El Niño se traduit par un temps sec entre juin et décembre, qui risque de nuire aux cultures en fin de campagne primera (première campagne) et en cours de campagne postrera (deuxième campagne) entre septembre et décembre. La primera correspond à la principale campagne maïsicole – et, plus généralement, agricole – dans la plupart des pays de la région.