Basée à Antananarivo, la Représentation de la FAO à Madagascar, aux Comores, à Maurice et aux Seychelles assure la coordination et mutualise les expertises pour répondre efficacement aux défis communs des États insulaires en développement (PEID) de l'océan Indien.
À Madagascar, membre depuis 1961, l'Organisation coordonne ses activités pour les pays de l’Océan indien depuis le bureau régional d’Antananarivo, créé en 1981. La FAO soutient actuellement 44 projets actifs pour accompagner la transition du pays vers une agriculture durable.
Aux Comores, membres depuis 1977, la FAO met en œuvre 13 projets axés sur la sécurité alimentaire et le développement durable, renforçant les capacités locales et soutenant des initiatives pour améliorer les moyens de subsistance.
À Maurice, membre depuis 1968, la FAO collabore à travers 14 projets pour promouvoir des pratiques agricoles respectueuses de l’environnement et améliorer la résilience du secteur agricole.
Enfin, aux Seychelles, membre depuis 1977, la FAO soutient 10 projets visant à renforcer la durabilité des systèmes agricoles et à promouvoir la gestion durable des ressources naturelles.