区域土壤伙伴是在同一区域内感兴趣并积极的参与者间建立起来的。它与粮农区域办公室有紧密的合作并且与国家土壤机构（土壤调查机构，土壤管理机构，土壤研究机构和在土地资源、气候变化和生物多样性管理方面工作的土壤专家和其他相关的区域组织）建立了互动式的协商机制。

每个区域土壤伙伴由五个工作组组成，工作组分别对应每个全球土壤伙伴行动。这些小组主要负责区域执行计划下活动的开展。区域管理委员会为区域合作伙伴项目提供战略方向并且为委员会主席提供技术建议同时向本项目汇报。主席是由区域负责人和全体大会的与会者选出来的，主席负责汇报区域活动事宜。