Les participants à l'atelier étaient conscients que bon nombre de leurs recommandations auraient d'importantes conséquences budgétaires. Certaines étapes du processus de fourniture d'avis scientifiques au Codex et aux Etats Membres pourraient être exécutées de manière plus économique, mais les progrès à faire du point de vue de la quantité, de la qualité, de la ponctualité et de la transparence des avis scientifiques nécessitent des ressources financières et humaines bien plus importantes. Faute de temps, les participants n'ont pu calculer combien coûterait la mise en oeuvre de leurs recommandations. Ils ont décidé de demander à la FAO et à l'OMS d'en estimer le coût lors des prochaines étapes du processus de consultation.
Il a été convenu qu'il ne fallait pas prévoir séparément un financement suffisant et durable pour les programmes essentiels d'avis scientifiques, mais le relier au financement du Codex et des activités en rapport avec le Codex, comme le Fonds fiduciaire du Codex pour une plus grande participation des pays en développement à ses travaux. Ces activités étant, dans une certaine mesure, liées entre elles, leur financement peut provenir des mêmes sources.