Инновационные агроэкологические методы хозяйствования позволяют производить больше, используя меньше внешних ресурсов.

Повышение эффективности использования ресурсов является еще одним свойством агроэкологических систем, в которых тщательно планируются вопросы использования разнообразия в целях обеспечения синергии различных компонентов. При этом одна из ключевых проблем эффективности заключается в том, что во всем мире сельскохозяйственные культуры усваивают менее 50 процентов вносимых в почву азотных удобрений, а остальная их часть теряется в окружающей среде, вызывая серьезные экологические последствия. .

В агроэкологических системах природные ресурсы используются более эффективно, особенно те, которые имеются в изобилии и бесплатны: например, солнечная радиация, атмосферный углерод и азот. Благодаря улучшению биологических процессов и круговороту биомассы, питательных веществ и воды производители могут использовать меньше внешних ресурсов: это позволяет сократить затраты и смягчить отрицательные экологические последствия использования этих ресурсов. В конечном итоге снижение зависимости от внешних ресурсов дает производителям возможность повысить свою самостоятельность и устойчивость к природным и экономическим потрясениям.

Одним из способов измерения эффективности интегрированных систем является использование отношения земельных эквивалентов (LER). LER позволяет сравнивать результаты совместного выращивания двух или более компонентов системы (например, сельскохозяйственных культур, деревьев, животных) с результатами выращивания тех же компонентов в монокультуре. В интегрированных агроэкологических системах LER нередко оказываются выше.

Таким образом, агроэкологический подход способствует созданию сельскохозяйственных систем с необходимым уровнем биологического, социально-экономического и институционального разнообразия и согласованию хозяйственных процессов во времени и пространстве в целях повышения эффективности.