Синергетический эффект повышает ценность ключевых функций продовольственных систем, поддерживая производство и многочисленные экосистемные услуги.

В агроэкологии большое внимание уделяется созданию диверсифицированных систем, в которых грамотно сочетаются виды однолетних и многолетних культур, домашний скот и водные животные, деревья, почвы, вода и другие элементы хозяйств и сельскохозяйственных ландшафтов в целях усиления синергии в условиях все более заметного изменения климата.

В продовольственных системах создание синергетического эффекта обеспечивает множество преимуществ. За счет оптимизации биологического взаимодействия агроэкологические методы хозяйствования способствуют улучшению экологических функций и, соответственно, повышению эффективности использования ресурсов и устойчивости к внешним воздействиям. Например, за счет биологической фиксации азота зернобобовыми в системах совмещения или чередования культур во всем мире удается ежегодно экономить почти 10 млн долл. США на азотных удобрениях; это свойство зернобобовых способствует также оздоровлению почв и смягчению последствий изменения климата и адаптации к ним. Кроме того, в растениеводстве порядка 15 процентов азота поступает из навоза, что свидетельствует о синергии в результате интеграции растениеводства с животноводством. В Азии в интегрированных рисоводческих системах выращивание риса сочетают с производством других продуктов, в том числе с выращиванием рыбы, уток и деревьев. Достижение максимального синергетического эффекта в интегрированных рисоводческих системах позволяет значительно повысить урожайность и разнообразие рациона питания, более эффективно бороться с сорняками, улучшить структуру и плодородие почв, а также обеспечить биологическое разнообразие среды обитания и борьбу с вредителями.

На ландшафтном уровне для усиления синергии необходима синхронизация производственной деятельности во времени и пространстве. В интегрированных агроэкологических системах Восточноафриканского нагорья распространенным способом борьбы с эрозией почв является устройство живых изгородей из каллиандры. Периодическая обрезка ветвей каллиандры не только снижает конкуренцию деревьев с сельскохозяйственными культурами, выращиваемыми между живыми изгородями, но и обеспечивает корм для животных, создавая синергию различных компонентов системы. При пастбищном животноводстве и экстенсивном выпасе скота формируются сложные взаимосвязи между людьми, многовидовыми стадами и изменением условий окружающей среды, способствующие созданию устойчивости к внешним воздействиям и реализации таких экосистемных услуг, как рассеивание семян, сохранение среды обитания и обеспечение плодородия почв, .

Наряду со стремлением обеспечить максимальный синергетический эффект агроэкологические подходы подразумевают и определенные компромиссы как в природных, так и в антропогенных системах. В частности, компромиссы бывают необходимы при распределении ресурсов и прав доступа. В агроэкологическом подходе в целях содействия синергии в рамках продовольственной системы в целом и достижения оптимальных компромиссов большое внимание уделяется партнерским связям, сотрудничеству и ответственному управлению с участием различных субъектов на разных уровнях.