تسببت ظاهرة النينيو بشكل عام في هطول أمطار فاقت المعدل ​​بين شهري أكتوبر/تشرين الأول وديسمبر/كانون الأول في منطقة القرن الأفريقي. ويمكن أن يسبب ذلك فيضانات وانهيارات أرضية، ما يؤثّر على الزراعة ويزيد من خطر الإصابة بالأمراض. ويلاحَظ معدل هطول أمطار أقل من المعدل ​​في الأجزاء الغربية الأحادية النمط من شرق أفريقيا (غرب إثيوبيا والسودان وجنوب السودان وأوغندا وغرب كينيا) بين يوليو/تموز وسبتمبر/أيلول. وفي معظم أنحاء الجنوب الأفريقي، انخفض معدل هطول الأمطار بسبب ظاهرة  النينيو بين نوفمبر/تشرين الثاني ومارس/آذار خلال الأعوام الماضية، وذلك بالتزامن مع موسم الحصاد الرئيسي. وقد يؤثّر ذلك على توقعات المحاصيل وإنتاجية الثروة الحيوانية، ما يؤدي إلى تفاقم الأوضاع في البلدان التي تواجه تحديات تتعلق بالإمدادات الغذائية المحلية ومستويات عالية من انعدام الأمن الغذائي. وفي غرب أفريقيا ومنطقة الساحل، تسببت ظاهرة النينيو تاريخيًا في هطول أمطار دون المعدل ​​بين يوليو/تموز وسبتمبر/أيلول، بالتزامن مع الموسم الزراعي الرئيسي. وقد يؤدي ذلك إلى تفاقم الأوضاع في البلدان التي تواجه تحديات تتعلق بالإمدادات الغذائية المحلية وزيادة الاعتماد على الواردات وسط ارتفاع أسعار المواد الغذائية العالمية.

في الجزء الشمالي من أمريكا الجنوبية، تؤدي ظاهرة النينيو إلى هطول أمطار دون المتوسط ​​بين يونيو/حزيران ومارس/آذار من العام التالي. وفي أمريكا الوسطى، خاصة في منطقة الممر الجاف، ترتبط ظاهرة النينيو بظروف الجفاف بين يونيو/حزيران وديسمبر/كانون الأول، ما قد يؤثّر على نهاية الموسم الأول وأداء الموسم الأخير بين سبتمبر/أيلول وديسمبر/كانون الأول. ويعتبر الموسم الأول الموسم الرئيسي للذرة والموسم الزراعي بشكل عام في معظم بلدان الإقليم.