На Африканском Роге развитие явления Эль-Ниньо, как правило, приводит к выпадению осадков выше среднего уровня в период c октября по декабрь. Такое изменение режима осадков может приводить к наводнениям и оползням, в результате которых страдает сельское хозяйство и растет риск распространения заболеваний. В условиях Эль-Ниньо в июле–сентябре выпадение осадков ниже среднего уровня обычно наблюдается в западных частях Восточной Африки (западная часть Эфиопии, Судан, Южный Судан, Уганда и западная часть Кении), то есть на территориях, для которых характерен унимодальный режим осадков. В последние годы на территории большинства стран южной части Африки в период ноября–марта, на который приходится основной сезон урожая, наблюдается связанная с Эль-Ниньо тенденция к сокращению количества осадков. Такие изменения могут ухудшить виды на урожай и снизить продуктивность животноводства, что приведет к усугублению положения в странах с высоким уровнем отсутствия продовольственной безопасности, и без того испытывающих трудности со снабжением внутреннего рынка продовольствием. В Западной Африке и Сахеле приход Эль-Ниньо традиционно связывают с выпадением осадков ниже среднего уровня в период июля–сентября, на который приходится основной сельскохозяйственный сезон. Такая тенденция может привести к усугублению положения в странах, испытывающих трудности с удовлетворением внутреннего спроса на продовольствие, и усилению их зависимости от импорта на фоне высоких цен на продовольствие в мире.

В северной части Южной Америки из-за прихода Эль-Ниньо в период с июня по март наблюдается выпадение осадков ниже среднего уровня. В Центральной Америке, в частности в так называемом "сухом коридоре", приход Эль-Ниньо, как правило, сопряжен с установлением засушливых условий с июня по декабрь, что негативно сказывается на подходящем к завершению основном сельскохозяйственном сезоне ("примера"), а также на следующим за ним сельскохозяйственном сезоне ("пострера"), который длится с сентября по декабрь. В большинстве стран данного региона "примера" – это главный сезон выращивания кукурузы и в целом основной сельскохозяйственный сезон.