Se analiza la operación logística de distribución de los municipios de Fuente de Oro (Meta) y Viotá (Cundinamarca) en el marco del proceso Mercados Campesinos. A través de la caracterización de la cadena de suministro (CS) se elabora un diagnóstico de la operación logística que incluye análisis de costos y determinación de restricciones de la operación y se establece la relación entre la operación logística y la calidad de los alimentos. La investigación es de tipo exploratoria/descriptiva realizada a través de estudios de caso. Los resultados evidencian la presencia de una CS descentralizada con una estructura de distribución de envíos directos, costos logísticos promedio del 26% sobre ingresos y margen neto de distribución de 19%. Existen problemas en la calidad de los alimentos derivados del manejo poscosecha, 20% de maltrato, 5% de pudrición y una disminución del 18% en los ingresos por venta. Se determina que la restricción medular del sistema logístico es la falta de regularidad de los canales de comercialización y las restricciones locales son constituidas principalmente por los procesos internos de poscosecha, las actividades de clasificación, selección y empaque de los productos. Se propone la implementación de estrategias de coordinación entre los agentes de la CS y tácticas operativas logísticas, capacitaciones a los productores en manejo de producto y procesos organizacionales.